More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0013 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0013  SOS mutagenesis protein RulA  100 
 
 		 134 aa  273  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0175  putative prophage repressor  89.92 
 
 		 141 aa  244  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3236  peptidase S24, S26A and S26B  78.95 
 
 		 135 aa  219  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1963  putative prophage repressor  78.36 
 
 		 137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3554  putative prophage repressor  75.94 
 
 		 135 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2039  peptidase S24/S26 domain-containing protein  73.68 
 
 		 135 aa  209  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0772285 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4269  putative prophage repressor  73.68 
 
 		 135 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4408  peptidase S24/S26 domain-containing protein  73.68 
 
 		 135 aa  209  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2465  peptidase S24/S26 domain-containing protein  71.21 
 
 		 142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2172  SOS-response transcriptional repressor LexA -like protein  70.45 
 
 		 141 aa  197  5e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2606  peptidase S24 and S26 domain protein  66.42 
 
 		 142 aa  188  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.399777  normal  0.0172558 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2196  peptidase S24/S26 domain-containing protein  69.7 
 
 		 135 aa  186  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.705592  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08270  DNA polymerase V subunit  71.21 
 
 		 135 aa  184  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  64.18 
 
 		 137 aa  176  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1782  putative prophage repressor  62.1 
 
 		 274 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2195  putative prophage repressor  62.1 
 
 		 274 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.543722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1833  putative prophage repressor  61.29 
 
 		 274 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340175 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2345  putative prophage repressor  61.72 
 
 		 134 aa  147  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1635  umuD protein  58.21 
 
 		 137 aa  142  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4569  peptidase S24/S26 domain-containing protein  50.75 
 
 		 144 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3452  umuD protein  71.21 
 
 		 73 aa  100  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000303705  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  42.48 
 
 		 147 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.15 
 
 		 158 aa  95.5  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4173  putative prophage repressor  48.57 
 
 		 244 aa  94.4  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524637 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  38.71 
 
 		 148 aa  93.6  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  40.87 
 
 		 139 aa  92  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  40.87 
 
 		 139 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2201  peptidase S24 and S26 domain protein  37.01 
 
 		 150 aa  91.7  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2951  putative prophage repressor  42.37 
 
 		 158 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  41.59 
 
 		 153 aa  90.5  7e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2762  peptidase S24, S26A and S26B  43.1 
 
 		 143 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  36.29 
 
 		 206 aa  89.4  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  37.8 
 
 		 139 aa  89.4  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1368  peptidase S24 and S26 domain protein  39.52 
 
 		 150 aa  87.8  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.734123  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1988  hypothetical protein  60.87 
 
 		 91 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.12249  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  41.53 
 
 		 152 aa  87  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1278  putative prophage repressor  40.52 
 
 		 142 aa  87  7e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.824294  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  36 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1876  hypothetical protein  66.67 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.13872  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  40.18 
 
 		 139 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  40.18 
 
 		 139 aa  85.5  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  38.4 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4001  putative prophage repressor  41.28 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  37.01 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  40.18 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4594  SOS-response transcriptional repressor LexA-like protein  54.93 
 
 		 75 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.235187  normal  0.79718 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  37.01 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  37.01 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  40.18 
 
 		 139 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  40.19 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35.48 
 
 		 147 aa  84.3  5e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0919  peptidase S24 and S26 domain protein  36.51 
 
 		 150 aa  84.3  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.391106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  39.2 
 
 		 150 aa  84  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.836968 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  37.9 
 
 		 138 aa  84  7e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  37.9 
 
 		 138 aa  84  7e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  39.13 
 
 		 186 aa  83.6  8e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1032  SOS mutagenesis protein UmuD  33.07 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.59 
 
 		 143 aa  82  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  36.52 
 
 		 202 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  38.1 
 
 		 145 aa  80.5  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  37.29 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  37.29 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  37.29 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  37.17 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.64 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  33.33 
 
 		 212 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.64 
 
 		 143 aa  80.1  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  33.33 
 
 		 149 aa  79.7  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1491  SOS mutagenesis protein UmuD  32.54 
 
 		 142 aa  79.7  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  0.0000906446 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  37.17 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  34.96 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  37.61 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  36.13 
 
 		 163 aa  78.2  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1337  umuD protein  32.28 
 
 		 141 aa  77.8  0.00000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35.88 
 
 		 138 aa  77.8  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0052  mutagenesis and repair protein MucA  36.67 
 
 		 139 aa  77.8  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00205855  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2061  peptidase S24 and S26 domain protein  35.25 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0332748  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1370  SOS mutagenesis protein UmuD  38.26 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  36 
 
 		 138 aa  77  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  42.59 
 
 		 150 aa  77  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  36.28 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  31.71 
 
 		 238 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5031  putative prophage repressor  36.21 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.916136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  35.2 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  33.81 
 
 		 141 aa  74.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.48 
 
 		 140 aa  73.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.741198 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0314  peptidase S24 and S26 domain protein  32.8 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1424  peptidase S24, S26A and S26B  38.14 
 
 		 144 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  34.51 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  32.8 
 
 		 154 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0361  peptidase S24/S26 domain-containing protein  32.8 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3751  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.66 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0735  peptidase S24, S26A and S26B  37.29 
 
 		 144 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>