218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2172 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2172  SOS-response transcriptional repressor LexA -like protein  100 
 
 		 141 aa  291  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2465  peptidase S24/S26 domain-containing protein  81.48 
 
 		 142 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2196  peptidase S24/S26 domain-containing protein  75.76 
 
 		 135 aa  214  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.705592  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1963  putative prophage repressor  68.61 
 
 		 137 aa  206  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3236  peptidase S24, S26A and S26B  72.39 
 
 		 135 aa  204  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0175  putative prophage repressor  69.47 
 
 		 141 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0013  SOS mutagenesis protein RulA  70.45 
 
 		 134 aa  197  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08270  DNA polymerase V subunit  70.37 
 
 		 135 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2039  peptidase S24/S26 domain-containing protein  67.67 
 
 		 135 aa  192  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0772285 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4408  peptidase S24/S26 domain-containing protein  67.67 
 
 		 135 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4269  putative prophage repressor  67.67 
 
 		 135 aa  191  3e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3554  putative prophage repressor  67.91 
 
 		 135 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2683  umuD protein  67.67 
 
 		 137 aa  186  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0640806  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2606  peptidase S24 and S26 domain protein  57.35 
 
 		 142 aa  161  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.399777  normal  0.0172558 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1635  umuD protein  60.58 
 
 		 137 aa  152  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4569  peptidase S24/S26 domain-containing protein  52.86 
 
 		 144 aa  150  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1782  putative prophage repressor  55.65 
 
 		 274 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2195  putative prophage repressor  55.65 
 
 		 274 aa  145  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.543722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2345  putative prophage repressor  60.16 
 
 		 134 aa  142  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1833  putative prophage repressor  54.84 
 
 		 274 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.340175 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4594  SOS-response transcriptional repressor LexA-like protein  60.56 
 
 		 75 aa  98.2  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.235187  normal  0.79718 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3452  umuD protein  69.84 
 
 		 73 aa  94.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000303705  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4173  putative prophage repressor  49.56 
 
 		 244 aa  94.4  5e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524637 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2201  peptidase S24 and S26 domain protein  37.8 
 
 		 150 aa  91.3  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3076  SOS mutagenesis protein UmuD  40.94 
 
 		 139 aa  91.3  5e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4001  putative prophage repressor  41.28 
 
 		 142 aa  90.9  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01158  DNA polymerase V, subunit D  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000619271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2465  peptidase S24 and S26 domain protein  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1286  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000137402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01168  hypothetical protein  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000352689  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1340  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000577771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1670  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267382  normal  0.982493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1328  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143224  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2442  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000116875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1966  DNA polymerase V subunit UmuD  39.13 
 
 		 139 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000484403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0100  protein MucA  43.36 
 
 		 147 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.903241  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1368  peptidase S24 and S26 domain protein  37.01 
 
 		 150 aa  86.3  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.734123  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16001  putative SOS mutagenesis protein UmuD  30.5 
 
 		 158 aa  85.1  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.805764 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0919  peptidase S24 and S26 domain protein  37.3 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.391106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1278  putative prophage repressor  37.07 
 
 		 142 aa  84.7  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.824294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1988  hypothetical protein  47.31 
 
 		 91 aa  82  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.12249  normal  0.394206 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1549  SOS mutagenesis protein UmuD  37.1 
 
 		 186 aa  81.3  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.093809 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1179  putative SOS mutagenesis protein UmuD  36.07 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.482422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1876  hypothetical protein  47.31 
 
 		 91 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.13872  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1491  SOS mutagenesis protein UmuD  32.54 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00671192  decreased coverage  0.0000906446 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1201  SOS-response transcriptional repressors (RecA-mediated autopeptidase)-like  35.71 
 
 		 212 aa  80.1  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2457  peptidase S24/S26 domain-containing protein  38.05 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2006  peptidase S24 and S26 domain protein  38.05 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000362452 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0056  hypothetical protein  36.97 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.221897  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1039  hypothetical protein  37.29 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1004  hypothetical protein  37.29 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0275  SOS mutagenesis protein UmuD  37.17 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.121942  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1032  SOS mutagenesis protein UmuD  34.65 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09441  putative SOS mutagenesis protein UmuD  37.17 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.497301  normal  0.0831546 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0899  Peptidase S24, S26A and S26B, conserved region  37.1 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2341  putative prophage repressor  38.05 
 
 		 139 aa  79  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2352  putative prophage repressor  38.05 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2213  DNA polymerase V subunit UmuD  40.19 
 
 		 139 aa  78.6  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0542538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1981  putative prophage repressor  33.61 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07081  putative SOS mutagenesis protein UmuD  35.77 
 
 		 153 aa  77.8  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0803785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0314  peptidase S24 and S26 domain protein  36.8 
 
 		 151 aa  77.8  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3751  peptidase S24/S26 domain-containing protein  37.29 
 
 		 149 aa  77  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0858  putative prophage repressor  31.45 
 
 		 206 aa  77  0.00000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0361  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.2 
 
 		 151 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.460438  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1669  hypothetical protein  35.48 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1663  hypothetical protein  35.48 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2081  SOS-response transcriptional repressor, LexA  36.89 
 
 		 132 aa  76.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0527419 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1907  putative prophage repressor  34.78 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1967  putative prophage repressor  31.58 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.44891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2216  DNA polymerase V subunit UmuD  36.28 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.676536 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1291  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.26 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172985  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2163  DNA polymerase V subunit UmuD  36.28 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.21769  normal  0.16696 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2159  DNA polymerase V subunit UmuD  36.28 
 
 		 139 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0649907  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0340  peptidase S24 and S26 domain protein  35.2 
 
 		 154 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1337  umuD protein  31.5 
 
 		 141 aa  73.9  0.0000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1435  peptidase S24 and S26 domain protein  39.45 
 
 		 150 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2974  SOS mutagenesis protein UmuD  39.45 
 
 		 208 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.979623  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0704  putative prophage repressor  36.21 
 
 		 163 aa  73.6  0.0000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  36.28 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2951  putative prophage repressor  37.01 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4342  putative prophage repressor  37.17 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1370  SOS mutagenesis protein UmuD  38.46 
 
 		 146 aa  72.4  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2061  peptidase S24 and S26 domain protein  36.13 
 
 		 151 aa  72.4  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0332748  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2105  SOS mutagenesis protein UmuD  30.89 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.499933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0458  putative prophage repressor  38.53 
 
 		 202 aa  72  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0671085  normal  0.466912 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10191  putative SOS mutagenesis protein UmuD  33.59 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2762  peptidase S24, S26A and S26B  37.93 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0052  mutagenesis and repair protein MucA  35 
 
 		 139 aa  71.2  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00205855  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2746  peptidase S24/S26 domain-containing protein  35.43 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1750  umuD protein  35 
 
 		 164 aa  70.5  0.000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09221  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.06 
 
 		 138 aa  70.1  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  decreased coverage  0.00588824  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6256  peptidase S24/S26 domain-containing protein  33.6 
 
 		 150 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.836968 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09241  putative SOS mutagenesis protein UmuD  32.06 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0037  protein ImpA  37.5 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0603297 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0863  SOS mutagenesis protein UmuD  32.82 
 
 		 138 aa  69.3  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0265877  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1208  putative prophage repressor  34.48 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00934288  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0559  peptidase S24 and S26 domain protein  33.33 
 
 		 171 aa  68.2  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0001  protein SamA  30.43 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1336  putative prophage repressor  32.73 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2605  peptidase S24/S26 domain-containing protein  41.18 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.741198 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>