149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1733 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 222 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4010  repressor protein cI  48.75 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895282  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2750  phage repressor protein  33.91 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1456  phage repressor protein  33.91 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.817013  normal  0.84573 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2829  XRE family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  35.78 
 
 		 218 aa  139  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  37.56 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  36.65 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  36.65 
 
 		 216 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1853  putative prophage repressor  36.77 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0159907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3399  XRE family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1970  XRE family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.118852  normal  0.0462481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  34.11 
 
 		 216 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01954  hypothetical protein  42.31 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1083  peptidase, S24 family  44.72 
 
 		 133 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.501278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4132  repressor protein c2, putative  46.56 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3869  peptidase  46.56 
 
 		 218 aa  112  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0571  repressor protein c2  31.46 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.72773  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4603  peptidase  31.92 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3102  XRE family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0669048  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 204 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3443  XRE family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 228 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400113  unclonable  9.66468e-17 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  31.56 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3421  repressor protein c2  39.57 
 
 		 243 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000122682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0293  prophage repressor  32.27 
 
 		 237 aa  99  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830345 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2924  repressor protein  31.31 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  4.38721e-16 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  30.91 
 
 		 230 aa  95.1  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3033  transcriptional repressor pyocin R2_PP  39.84 
 
 		 243 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.593643  normal  0.0855736 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1607  putative prophage repressor  31.72 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385994  normal  0.460632 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  40.69 
 
 		 236 aa  90.1  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1929  peptidase S24/S26 domain-containing protein  30.23 
 
 		 215 aa  89.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0221761  hitchhiker  0.0000000154774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0617  peptidase S24, S26A and S26B  39.53 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1815  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  31.94 
 
 		 207 aa  82.4  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.50082  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2501  peptidase S24 and S26 domain protein  38.71 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.241026  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  28.7 
 
 		 220 aa  73.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3660  putative prophage repressor  39.08 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000108036  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  29.52 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1772  putative prophage repressor  30.89 
 
 		 217 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000601077  decreased coverage  0.000377038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2713  transcriptional regulator, XRE family  31.05 
 
 		 222 aa  61.2  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3666  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100264  decreased coverage  0.0000000000010366 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0580  repressor protein C2  27.42 
 
 		 238 aa  60.1  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1577  peptidase S24-like domain-containing protein  29.66 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000555461  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0989  S24 family peptidase  30.5 
 
 		 239 aa  57  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1808  XRE family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630846  normal  0.212121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4068  Cro/CI family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0144241  unclonable  0.00000065299 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.88 
 
 		 201 aa  54.3  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1773  putative prophage repressor  27.87 
 
 		 224 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000495428  hitchhiker  0.00108243 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1758  transcriptional repressor, LexA family  34.88 
 
 		 201 aa  53.9  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000113097  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3515  LexA repressor  30.71 
 
 		 205 aa  52  0.000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 245 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  25.11 
 
 		 245 aa  50.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  24.55 
 
 		 205 aa  50.1  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0041  LexA repressor  39.77 
 
 		 201 aa  49.7  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0885  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  39.51 
 
 		 243 aa  49.3  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1232  transcriptional repressor, LexA family  39.13 
 
 		 209 aa  48.9  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1516  hypothetical protein  35 
 
 		 120 aa  48.9  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.314298 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0020  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.06 
 
 		 199 aa  48.5  0.00009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000309012  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1617  LexA repressor  36.27 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1439  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.29 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 109 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  31.48 
 
 		 199 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 215 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  33.93 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2172  hypothetical protein  37.04 
 
 		 126 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2084  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.85 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0507519 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 513 aa  47  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  25.91 
 
 		 196 aa  47.4  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 490 aa  46.2  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0192  SOS-response transcriptional repressor, LexA  34.21 
 
 		 200 aa  46.2  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  29.84 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  26.29 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 191 aa  46.2  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  25.35 
 
 		 209 aa  46.2  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  26.91 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  26.91 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  26.91 
 
 		 217 aa  45.8  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1142  SOS-response transcriptional repressor, LexA  37.36 
 
 		 201 aa  45.8  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00201645  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1339  putative prophage repressor  27.83 
 
 		 219 aa  45.8  0.0005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00520189 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  34.18 
 
 		 489 aa  45.4  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  30.23 
 
 		 219 aa  45.4  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0176  peptidase S24 and S26 domain protein  33.33 
 
 		 153 aa  45.1  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 85 aa  45.1  0.0009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  26.87 
 
 		 223 aa  45.1  0.0009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0200  LexA repressor  31.03 
 
 		 206 aa  45.1  0.0009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0891  peptidase S24 and S26 domain protein  28.57 
 
 		 338 aa  44.7  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.352562  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  44.23 
 
 		 508 aa  44.7  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  38.24 
 
 		 517 aa  44.3  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  36.76 
 
 		 516 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1516  LexA repressor  29.84 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.142022 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0757  SOS-response transcriptional repressor, LexA  29.75 
 
 		 196 aa  44.3  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 186 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  25.45 
 
 		 209 aa  44.7  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3727  LexA repressor  31.2 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3754  LexA repressor  31.2 
 
 		 206 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  22.94 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  23.68 
 
 		 206 aa  43.9  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>