More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3746 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3746  putative prophage repressor  100 
 
 		 216 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  60.19 
 
 		 216 aa  248  4e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 212 aa  239  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0647  transcriptional regulator, XRE family  55.3 
 
 		 209 aa  234  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9067299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0633  putative phage repressor  56.22 
 
 		 209 aa  232  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.681909  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1255  transcriptional regulator, XRE family  25.85 
 
 		 242 aa  78.2  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0691404  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  28.77 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  28.77 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  28.77 
 
 		 217 aa  72.4  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1019  XRE family transcriptional regulator  23.17 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0426259 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4345  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.759199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  26.42 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  25.86 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  25.7 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.31 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  26.09 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1183  Peptidase S24/S26A/S26B, conserved region  26.01 
 
 		 217 aa  61.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.186199 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3328  transcriptional repressor, LexA family  32.88 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  25.36 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  24.4 
 
 		 219 aa  58.5  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2152  peptidase S24, LexA repressor  37.12 
 
 		 252 aa  57.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  23.83 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0572  repressor LexA  34.4 
 
 		 244 aa  57  0.0000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0263209 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0038  Helix-turn-helix domain protein  35.94 
 
 		 120 aa  57.4  0.0000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000109438  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  23.08 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0167  LexA repressor  31.65 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.139348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2211  putative repressor protein encoded within prophage CP-933O  23.15 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000372098  hitchhiker  7.21375e-19 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 191 aa  53.5  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 191 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12734  LexA repressor  33.6 
 
 		 217 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  23.81 
 
 		 251 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0632  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 71 aa  53.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000285782  unclonable  0.0000000000746668 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2561  LexA repressor  32.65 
 
 		 239 aa  52.8  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.936148  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1874  LexA repressor  29.84 
 
 		 228 aa  52.4  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.879574  normal  0.093957 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3974  LexA repressor  29.93 
 
 		 219 aa  52  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  29.33 
 
 		 819 aa  52  0.000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000018035  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1504  SOS-response transcriptional repressor, LexA  32.03 
 
 		 222 aa  51.6  0.000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000188226 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2248  repressor protein C2  23.87 
 
 		 236 aa  51.6  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000124176  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3902  transcriptional repressor, LexA family  32.31 
 
 		 263 aa  51.2  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 210 aa  50.8  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0472  Cro/CI family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404493 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2157  LexA repressor  30.07 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.564667  hitchhiker  0.00513762 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1356  SOS function regulatory protein, LexA repressor  30.22 
 
 		 205 aa  51.2  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2168  LexA repressor  30.07 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.264168  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2142  LexA repressor  30.43 
 
 		 232 aa  51.2  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2214  LexA repressor  30.07 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132228  normal  0.149598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 70 aa  50.4  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  24.35 
 
 		 265 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 179 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1808  transcriptional repressor, LexA family  30.08 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.2542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1598  LexA repressor  32.54 
 
 		 239 aa  49.3  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2075  putative phage repressor  26.11 
 
 		 221 aa  49.7  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  24.27 
 
 		 255 aa  49.7  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2427  SOS-response transcriptional repressor LexA  32.03 
 
 		 238 aa  49.7  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.639374 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  29.67 
 
 		 472 aa  49.3  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1479  LexA repressor  33.6 
 
 		 275 aa  49.3  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0381882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 213 aa  49.3  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1791  LexA repressor  32.28 
 
 		 239 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.117655  hitchhiker  0.00108094 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 191 aa  49.3  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 197 aa  48.9  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2441  LexA repressor  30.07 
 
 		 232 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.628301  normal  0.115914 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27590  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 		 235 aa  48.9  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1353  LexA repressor  33.08 
 
 		 238 aa  48.9  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13403  hypothetical protein  26.22 
 
 		 255 aa  48.9  0.00006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1308  XRE family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 229 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  24.68 
 
 		 209 aa  48.5  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0909  transcriptional regulator, XRE family  27.38 
 
 		 115 aa  48.9  0.00007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  25 
 
 		 222 aa  48.5  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1583  SOS-response transcriptional repressor, LexA  33.33 
 
 		 229 aa  48.5  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.4567  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  25.94 
 
 		 235 aa  48.5  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  24.52 
 
 		 200 aa  48.5  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1135  LexA repressor  28.19 
 
 		 241 aa  48.5  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.725643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  33.33 
 
 		 213 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 215 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0237  LexA repressor  26.56 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0532878  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1451  LexA repressor  32.52 
 
 		 261 aa  47.8  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.440028  normal  0.764251 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  25.51 
 
 		 223 aa  47.8  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  35.71 
 
 		 459 aa  48.1  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1232  LexA repressor  30.08 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0475766  normal  0.0166325 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3365  putative phage repressor  26.4 
 
 		 215 aa  48.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3956  LexA repressor  31.2 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.175272  normal  0.995266 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3094  LexA repressor  30.65 
 
 		 228 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.938529  normal  0.561112 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  41.38 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  22.18 
 
 		 238 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1233  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.5 
 
 		 209 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0384913  normal  0.224012 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2118  LexA repressor  28.68 
 
 		 207 aa  47  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1841  LexA repressor  30.65 
 
 		 233 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.924658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2454  LexA repressor  29.13 
 
 		 237 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.212024  normal  0.397716 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  47.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 505 aa  47  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1183  putative prophage repressor  25 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00355534  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1866  putative phage repressor  22.86 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2490  SOS-response transcriptional repressor, LexA  31.07 
 
 		 201 aa  46.6  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3074  Repressor lexA  32.23 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.459225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>