More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2248 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 505 aa  1019    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  38.49 
 
 		 496 aa  387  1e-106  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 491 aa  376  1e-103  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  38.11 
 
 		 500 aa  365  1e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 493 aa  327  2.0000000000000001e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  32.24 
 
 		 491 aa  320  5e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  24.28 
 
 		 481 aa  73.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 471 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  26.08 
 
 		 474 aa  68.2  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  26.13 
 
 		 505 aa  68.2  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  23.7 
 
 		 503 aa  65.1  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  23.74 
 
 		 477 aa  65.1  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 510 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 510 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 510 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  24.32 
 
 		 511 aa  64.7  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  23.74 
 
 		 477 aa  64.3  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  26.2 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 490 aa  63.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  25.89 
 
 		 513 aa  61.6  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 504 aa  62  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  25.22 
 
 		 472 aa  61.6  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  26.32 
 
 		 508 aa  60.8  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45.59 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 511 aa  60.1  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  22.24 
 
 		 483 aa  59.7  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 510 aa  59.7  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 509 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  25.57 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 483 aa  59.3  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 510 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  24.19 
 
 		 476 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  47.14 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 509 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 509 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 480 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 256 aa  57.4  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 508 aa  57.4  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 473 aa  57  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  23.04 
 
 		 518 aa  57  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  22.35 
 
 		 477 aa  56.2  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 140 aa  56.2  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  56.6  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.06 
 
 		 481 aa  55.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 72 aa  55.8  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 130 aa  55.5  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  22.49 
 
 		 480 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 476 aa  55.8  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 228 aa  54.7  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  23.59 
 
 		 489 aa  54.7  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 72 aa  54.3  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  27.11 
 
 		 488 aa  54.3  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 192 aa  53.9  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 128 aa  53.9  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 230 aa  53.9  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 474 aa  53.9  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  26.57 
 
 		 469 aa  53.9  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 469 aa  53.9  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 201 aa  53.9  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 195 aa  53.5  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 130 aa  53.5  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4798  transcriptional regulator  46.77 
 
 		 222 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.124269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 481 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  23.98 
 
 		 488 aa  53.1  0.00001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 210 aa  53.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.34 
 
 		 503 aa  52.8  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 202 aa  52.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 198 aa  52.8  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 470 aa  52.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  29.41 
 
 		 504 aa  52.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  24.57 
 
 		 455 aa  52.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 219 aa  52.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  22.2 
 
 		 513 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  40.85 
 
 		 489 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  23.76 
 
 		 467 aa  52  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  30.91 
 
 		 224 aa  51.6  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  51.6  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 200 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  23.62 
 
 		 486 aa  52  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  34.94 
 
 		 215 aa  51.2  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  24.75 
 
 		 464 aa  51.2  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 201 aa  50.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 482 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  23.08 
 
 		 505 aa  50.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 118 aa  51.2  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 		 475 aa  50.8  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 478 aa  50.8  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2158  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  50.8  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.181964 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 193 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  24.43 
 
 		 472 aa  50.8  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 193 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 193 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  33.01 
 
 		 201 aa  50.4  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4448  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 193 aa  50.4  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0311191  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>