134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2488 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  100 
 
 		 467 aa  957    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  55.27 
 
 		 468 aa  526  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  41.44 
 
 		 480 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 481 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 483 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 480 aa  356  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.14 
 
 		 480 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 483 aa  354  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  43.78 
 
 		 481 aa  353  4e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 482 aa  340  4e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 		 483 aa  333  5e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 477 aa  328  9e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  40.13 
 
 		 477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  39.91 
 
 		 477 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.63 
 
 		 476 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 488 aa  316  7e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 479 aa  307  3e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 469 aa  298  2e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  36.97 
 
 		 466 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 491 aa  293  6e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 490 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  35.33 
 
 		 474 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 471 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  38.15 
 
 		 461 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  37.98 
 
 		 469 aa  287  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 470 aa  287  2.9999999999999996e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 474 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  37.53 
 
 		 477 aa  287  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  36.05 
 
 		 472 aa  286  4e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 464 aa  286  5e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 470 aa  286  7e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 461 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  38.06 
 
 		 461 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  35.41 
 
 		 472 aa  283  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  35.62 
 
 		 470 aa  283  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  38.43 
 
 		 461 aa  279  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 477 aa  278  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  35.71 
 
 		 475 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 470 aa  272  9e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 470 aa  272  9e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  35.95 
 
 		 475 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  36.63 
 
 		 524 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.42 
 
 		 466 aa  270  2.9999999999999997e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.56 
 
 		 483 aa  269  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 474 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  35.27 
 
 		 486 aa  268  1e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  36.13 
 
 		 464 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  34.58 
 
 		 475 aa  266  4e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  35.62 
 
 		 482 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.82 
 
 		 490 aa  264  3e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  37.42 
 
 		 470 aa  263  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 474 aa  260  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  34.43 
 
 		 475 aa  259  8e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 475 aa  259  9e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  34.43 
 
 		 475 aa  259  9e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  40.09 
 
 		 472 aa  258  1e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 464 aa  258  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 469 aa  258  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 476 aa  257  4e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 474 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 490 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  37.94 
 
 		 471 aa  253  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.64 
 
 		 475 aa  253  8.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  34.96 
 
 		 474 aa  252  1e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 477 aa  249  9e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 473 aa  248  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 463 aa  243  3.9999999999999997e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  34.61 
 
 		 474 aa  241  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.73 
 
 		 469 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  35.4 
 
 		 455 aa  238  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 495 aa  237  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  34.3 
 
 		 484 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 506 aa  234  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 		 469 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 491 aa  226  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 462 aa  216  8e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.72 
 
 		 428 aa  88.2  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  33.63 
 
 		 149 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 428 aa  82  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  26.85 
 
 		 428 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.75 
 
 		 481 aa  76.3  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.84 
 
 		 488 aa  70.9  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  22.84 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  28.53 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  25.62 
 
 		 495 aa  68.2  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.58 
 
 		 504 aa  68.2  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  25.17 
 
 		 500 aa  65.5  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  25.96 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  26.41 
 
 		 505 aa  64.7  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.49 
 
 		 488 aa  60.5  0.00000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  25.85 
 
 		 478 aa  56.6  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  27.2 
 
 		 513 aa  56.6  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 443 aa  52.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  24.93 
 
 		 488 aa  52.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 292 aa  51.2  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 		 118 aa  50.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 		 194 aa  50.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 490 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 78 aa  48.9  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>