79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2985 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  100 
 
 		 149 aa  304  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  97.08 
 
 		 477 aa  278  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 482 aa  156  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 481 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  51.11 
 
 		 480 aa  154  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 480 aa  153  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  50.37 
 
 		 480 aa  153  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  49.63 
 
 		 483 aa  150  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 483 aa  150  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  49.64 
 
 		 488 aa  145  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  51.88 
 
 		 481 aa  142  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 477 aa  137  4.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 491 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  47.79 
 
 		 524 aa  134  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 474 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  52.8 
 
 		 490 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  50 
 
 		 461 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  52.8 
 
 		 490 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 461 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  49.23 
 
 		 461 aa  133  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  45.99 
 
 		 479 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  50 
 
 		 464 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 471 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 469 aa  132  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  46.92 
 
 		 477 aa  130  5e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 474 aa  130  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  45.93 
 
 		 469 aa  128  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  46.34 
 
 		 464 aa  127  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  46.92 
 
 		 472 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 477 aa  127  6e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  49.6 
 
 		 490 aa  127  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  48.2 
 
 		 477 aa  127  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 477 aa  127  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  44.78 
 
 		 474 aa  126  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 470 aa  124  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  46.15 
 
 		 470 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  45.19 
 
 		 476 aa  124  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  44.36 
 
 		 475 aa  123  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  45.52 
 
 		 474 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 471 aa  120  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  41.61 
 
 		 472 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 466 aa  119  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  50 
 
 		 474 aa  118  3e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  46.27 
 
 		 461 aa  118  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 464 aa  117  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  41.22 
 
 		 475 aa  117  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  41.22 
 
 		 475 aa  117  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 475 aa  117  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  41.04 
 
 		 482 aa  117  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 483 aa  116  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  45.6 
 
 		 470 aa  116  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  44.36 
 
 		 484 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  43.8 
 
 		 486 aa  114  3e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  41.79 
 
 		 475 aa  115  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 472 aa  114  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 506 aa  114  6e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 491 aa  113  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 474 aa  110  5e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  38.81 
 
 		 475 aa  109  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 495 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  44.17 
 
 		 455 aa  104  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 476 aa  103  7e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 473 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 469 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  39.26 
 
 		 469 aa  101  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 461 aa  100  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  36.72 
 
 		 466 aa  100  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  40 
 
 		 470 aa  97.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 468 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 469 aa  94.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 463 aa  92  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 474 aa  91.7  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 475 aa  86.3  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 462 aa  86.3  1e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  33.63 
 
 		 467 aa  85.9  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 470 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 470 aa  80.9  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  34.38 
 
 		 483 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 431 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>