92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1405 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  100 
 
 		 431 aa  868    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 443 aa  383  1e-105  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  49.07 
 
 		 428 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  49.07 
 
 		 428 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  47.24 
 
 		 428 aa  362  6e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 440 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  43.68 
 
 		 428 aa  274  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 470 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 470 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  27.35 
 
 		 472 aa  123  5e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  28.48 
 
 		 472 aa  123  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  26.46 
 
 		 470 aa  123  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 491 aa  121  3e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  27 
 
 		 490 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  28.57 
 
 		 475 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  27.02 
 
 		 466 aa  114  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  25.38 
 
 		 480 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  25.92 
 
 		 482 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 474 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  25.86 
 
 		 466 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  24.95 
 
 		 480 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 481 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  27.88 
 
 		 461 aa  105  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  26.24 
 
 		 475 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  24.07 
 
 		 486 aa  103  4e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  26.87 
 
 		 524 aa  103  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  25.76 
 
 		 475 aa  103  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 475 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  25.76 
 
 		 475 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  25.72 
 
 		 474 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  27.29 
 
 		 469 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  25.7 
 
 		 475 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 476 aa  100  5e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 474 aa  100  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  27.39 
 
 		 476 aa  100  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  25.85 
 
 		 482 aa  97.8  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  26.82 
 
 		 464 aa  97.8  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  25.61 
 
 		 474 aa  97.4  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 471 aa  96.7  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  25.53 
 
 		 477 aa  96.7  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  24.38 
 
 		 474 aa  96.3  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  27.25 
 
 		 490 aa  96.3  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 477 aa  93.2  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  25.92 
 
 		 506 aa  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  33.49 
 
 		 461 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  27.55 
 
 		 483 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 470 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 470 aa  85.9  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 473 aa  85.1  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  25.05 
 
 		 483 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  24.68 
 
 		 484 aa  84  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  25.36 
 
 		 474 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  31.98 
 
 		 461 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 480 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 464 aa  79.7  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 483 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  26.87 
 
 		 475 aa  75.1  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 490 aa  71.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 477 aa  71.2  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  22.84 
 
 		 467 aa  70.1  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  31.35 
 
 		 469 aa  69.7  0.00000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  28.29 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  29.41 
 
 		 477 aa  65.9  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  34.5 
 
 		 469 aa  64.3  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  29.24 
 
 		 461 aa  62  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 463 aa  62.4  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 469 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 469 aa  60.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  43.24 
 
 		 470 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 488 aa  55.8  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 468 aa  54.3  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  25.64 
 
 		 479 aa  48.9  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 462 aa  47.8  0.0004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 325 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  28.85 
 
 		 149 aa  45.8  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 277 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0289  P22 repressor protein c2  35.29 
 
 		 216 aa  44.7  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10021  Repressor protein C2  35.29 
 
 		 216 aa  44.7  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 105 aa  44.3  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0382  P22 repressor protein c2  34.85 
 
 		 216 aa  43.1  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.103014  hitchhiker  0.000000000000607321 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  38.96 
 
 		 446 aa  43.1  0.009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4070  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 109 aa  43.1  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00101139  hitchhiker  0.00129674 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1430  XRE family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 259 aa  43.1  0.01  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776927 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 81 aa  43.1  0.01  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>