96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0406 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  70 
 
 
470 aa  645    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
469 aa  921    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  95.95 
 
 
469 aa  848    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  70.43 
 
 
469 aa  627  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  65.39 
 
 
470 aa  608  1e-173  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  65.39 
 
 
470 aa  608  1e-173  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  64.76 
 
 
483 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  62.13 
 
 
474 aa  569  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  39.28 
 
 
480 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  39.7 
 
 
480 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  39.28 
 
 
481 aa  319  5e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  38.43 
 
 
480 aa  318  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  39.87 
 
 
488 aa  316  5e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.42 
 
 
481 aa  316  6e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  39.03 
 
 
482 aa  311  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 
483 aa  309  6.999999999999999e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 
483 aa  308  9e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  39.79 
 
 
464 aa  291  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  40.22 
 
 
476 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  39.7 
 
 
477 aa  286  5e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  37.93 
 
 
476 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  37.76 
 
 
479 aa  273  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 
474 aa  272  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  37.2 
 
 
477 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 
483 aa  269  8e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  35.99 
 
 
491 aa  263  4e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  36.77 
 
 
477 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  36.77 
 
 
477 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  36.6 
 
 
477 aa  263  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  33.83 
 
 
468 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.73 
 
 
467 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  35.03 
 
 
470 aa  260  3e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 
472 aa  260  3e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  34.82 
 
 
472 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  34.96 
 
 
470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  35.17 
 
 
464 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.79 
 
 
475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.14 
 
 
469 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  35.02 
 
 
474 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
491 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.63 
 
 
490 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  37.28 
 
 
506 aa  249  8e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  36.7 
 
 
469 aa  249  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  36.25 
 
 
524 aa  249  9e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 
474 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  33.89 
 
 
475 aa  248  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  35.47 
 
 
472 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 
490 aa  247  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  33.4 
 
 
475 aa  247  4e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  33.4 
 
 
475 aa  246  6e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  33.4 
 
 
475 aa  246  6e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  34.26 
 
 
471 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  35.7 
 
 
474 aa  244  3e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  34.82 
 
 
466 aa  243  3.9999999999999997e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 
490 aa  243  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  36.44 
 
 
474 aa  242  7.999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  33.12 
 
 
475 aa  241  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  34.59 
 
 
470 aa  241  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  34.56 
 
 
466 aa  240  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  33.33 
 
 
482 aa  239  8e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  37.04 
 
 
461 aa  238  1e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 
462 aa  237  4e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  33.97 
 
 
477 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  34.96 
 
 
461 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
461 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  34.75 
 
 
461 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  37.45 
 
 
484 aa  225  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  32.9 
 
 
486 aa  223  6e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  32 
 
 
475 aa  222  9e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  34.95 
 
 
463 aa  220  3e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  35.08 
 
 
464 aa  219  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 
473 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  34.9 
 
 
495 aa  203  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  32.7 
 
 
474 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  32.82 
 
 
461 aa  200  3.9999999999999996e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  34.23 
 
 
455 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
471 aa  190  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  39.26 
 
 
149 aa  101  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.88 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  28.48 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  28.22 
 
 
443 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  34.5 
 
 
431 aa  64.3  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 
428 aa  60.1  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 
428 aa  48.9  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
197 aa  47  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
397 aa  46.6  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 
397 aa  46.6  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.23 
 
 
481 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 
504 aa  44.7  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 
191 aa  44.3  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 
440 aa  44.3  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2028  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
194 aa  44.3  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.165285  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  41.67 
 
 
201 aa  43.9  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
199 aa  43.5  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 
125 aa  43.5  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 
197 aa  43.5  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>