105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0944 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
462 aa  909    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  62.07 
 
 
463 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
488 aa  351  2e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  39.92 
 
 
480 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  39.28 
 
 
480 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  39.49 
 
 
480 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  39.41 
 
 
481 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  38.9 
 
 
482 aa  334  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  44.21 
 
 
479 aa  332  8e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 
483 aa  331  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  38.19 
 
 
483 aa  330  3e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.01 
 
 
481 aa  310  4e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.98 
 
 
477 aa  288  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  40.09 
 
 
464 aa  284  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.28 
 
 
476 aa  282  8.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  40.89 
 
 
472 aa  276  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  35.81 
 
 
474 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
491 aa  267  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.87 
 
 
483 aa  266  5.999999999999999e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  36.79 
 
 
483 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.63 
 
 
470 aa  265  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.63 
 
 
470 aa  265  2e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
477 aa  260  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  38.36 
 
 
470 aa  259  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  35.1 
 
 
468 aa  259  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  36.36 
 
 
472 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  37.9 
 
 
477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  36.23 
 
 
472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  37.69 
 
 
477 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  36.23 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 
469 aa  253  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  37.45 
 
 
490 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  35.41 
 
 
466 aa  251  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  35.94 
 
 
470 aa  251  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  37.09 
 
 
470 aa  250  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  37.47 
 
 
477 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  34.73 
 
 
474 aa  250  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 
469 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 
474 aa  247  3e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  36.93 
 
 
474 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  36.19 
 
 
476 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.97 
 
 
469 aa  244  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.87 
 
 
467 aa  244  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  37.86 
 
 
490 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  35.81 
 
 
490 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  34.11 
 
 
474 aa  238  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  36.69 
 
 
524 aa  237  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
491 aa  236  7e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  40.39 
 
 
461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  35.42 
 
 
475 aa  233  6e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  34.69 
 
 
471 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  33.62 
 
 
475 aa  231  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  33.26 
 
 
482 aa  230  5e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  34.42 
 
 
486 aa  229  5e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 
466 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  32.34 
 
 
475 aa  227  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.32 
 
 
469 aa  226  6e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 
475 aa  226  7e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  32.91 
 
 
475 aa  226  7e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  32.98 
 
 
475 aa  226  8e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  33.4 
 
 
464 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  37 
 
 
461 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  34.1 
 
 
477 aa  223  6e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  33.54 
 
 
469 aa  222  9.999999999999999e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  37.27 
 
 
455 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  32.91 
 
 
484 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  33.62 
 
 
474 aa  216  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 
473 aa  212  9e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  36.38 
 
 
471 aa  209  8e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  32.91 
 
 
461 aa  209  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  32.91 
 
 
461 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  32.91 
 
 
461 aa  209  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 
506 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  34.34 
 
 
474 aa  205  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  33.95 
 
 
464 aa  204  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  31.86 
 
 
475 aa  194  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  33.76 
 
 
495 aa  189  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  34.23 
 
 
149 aa  86.3  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  27.12 
 
 
504 aa  79.3  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  25.94 
 
 
488 aa  62  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  23.81 
 
 
503 aa  60.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  27.11 
 
 
428 aa  58.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  23.61 
 
 
504 aa  57.8  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  27.08 
 
 
428 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.08 
 
 
428 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  23.06 
 
 
481 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0387  transcriptional regulator, XRE family  26.04 
 
 
486 aa  52.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.612976  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  22.99 
 
 
490 aa  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.74 
 
 
495 aa  51.6  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  24.49 
 
 
513 aa  50.8  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.11 
 
 
443 aa  49.3  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  30.81 
 
 
431 aa  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.09 
 
 
488 aa  47.8  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
81 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
81 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
81 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.2 
 
 
478 aa  46.6  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  25.06 
 
 
489 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
112 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 
397 aa  45.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>