204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0460 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  634    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  81.74 
 
 		 277 aa  199  6e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  71.15 
 
 		 145 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  66.93 
 
 		 156 aa  155  1e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 233 aa  154  2e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  61.29 
 
 		 182 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  54.48 
 
 		 176 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  65.14 
 
 		 161 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  65.14 
 
 		 161 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  65.14 
 
 		 161 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  58.21 
 
 		 175 aa  149  5e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  66.96 
 
 		 128 aa  145  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  60.77 
 
 		 141 aa  145  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  68.81 
 
 		 128 aa  145  1e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  62.04 
 
 		 170 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  60.95 
 
 		 140 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  53.29 
 
 		 145 aa  137  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  60.95 
 
 		 191 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 191 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  60.75 
 
 		 183 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  61.47 
 
 		 128 aa  133  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  57.72 
 
 		 165 aa  129  6e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  63.21 
 
 		 162 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 117 aa  77.8  0.0000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 156 aa  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  38.46 
 
 		 132 aa  57.8  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1032  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 162 aa  55.5  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 101 aa  53.9  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  44.78 
 
 		 133 aa  53.5  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 245 aa  53.1  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  40.26 
 
 		 154 aa  52.8  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  44.78 
 
 		 133 aa  52.4  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  25.23 
 
 		 105 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 112 aa  52  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  44.78 
 
 		 133 aa  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 252 aa  50.4  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 104 aa  50.4  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 223 aa  50.4  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 250 aa  50.1  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 118 aa  50.1  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 260 aa  49.7  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 83 aa  49.7  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 179 aa  49.7  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.32 
 
 		 203 aa  49.7  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 116 aa  49.3  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 127 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 131 aa  48.9  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  41.94 
 
 		 195 aa  48.5  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 181 aa  47.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 191 aa  48.1  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  41.67 
 
 		 107 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  41.07 
 
 		 108 aa  48.1  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 107 aa  47.8  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17240  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 242 aa  47.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.928492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 431 aa  47.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 256 aa  47.8  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 205 aa  47.4  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 200 aa  47.8  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 120 aa  47.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  46.3 
 
 		 101 aa  47.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 107 aa  47.4  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 185 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  41.67 
 
 		 113 aa  47  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 200 aa  46.6  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 152 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 197 aa  46.6  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 150 aa  46.6  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 276 aa  47  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 99 aa  46.6  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  41.07 
 
 		 89 aa  46.6  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 196 aa  46.6  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  37.1 
 
 		 186 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 150 aa  46.6  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 128 aa  46.2  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 185 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 185 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 191 aa  46.2  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 185 aa  46.2  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 185 aa  46.2  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 71 aa  46.2  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 194 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  42.86 
 
 		 109 aa  45.8  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 185 aa  45.4  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 191 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 129 aa  45.4  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0828  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 282 aa  45.4  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 109 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>