115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2772 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  484  1e-136  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 260 aa  115  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 228 aa  106  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 191 aa  105  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 106 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 103 aa  95.5  7e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  51.38 
 
 		 127 aa  90.5  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  71.01 
 
 		 115 aa  90.1  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  68.57 
 
 		 150 aa  87.4  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  57.14 
 
 		 101 aa  87.4  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 104 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 104 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 104 aa  87  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 110 aa  85.9  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  67.14 
 
 		 150 aa  85.9  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  68.18 
 
 		 127 aa  85.5  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  53.76 
 
 		 109 aa  85.5  8e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 104 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  51.58 
 
 		 120 aa  84  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 122 aa  83.6  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  61.43 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  64.29 
 
 		 134 aa  84  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  63.24 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  53.26 
 
 		 104 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  63.08 
 
 		 116 aa  81.3  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  55 
 
 		 108 aa  80.5  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  55.95 
 
 		 119 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  52.17 
 
 		 114 aa  79.7  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  49.47 
 
 		 119 aa  79.3  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  58.97 
 
 		 119 aa  79  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  56.41 
 
 		 179 aa  79.3  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  60 
 
 		 89 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  56.58 
 
 		 112 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  58.46 
 
 		 91 aa  77.8  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  50.55 
 
 		 116 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  62.12 
 
 		 119 aa  76.6  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  48.89 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  52.22 
 
 		 99 aa  75.1  0.0000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  56.16 
 
 		 108 aa  72.8  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  57.89 
 
 		 104 aa  72.4  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  60.29 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  49.04 
 
 		 101 aa  72  0.000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  60.26 
 
 		 153 aa  68.6  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 101 aa  66.6  0.0000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  58.75 
 
 		 118 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 		 148 aa  61.2  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  66.04 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  47.22 
 
 		 116 aa  57  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 99 aa  57  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  45.88 
 
 		 154 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 175 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 118 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 162 aa  52.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 145 aa  52  0.000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 165 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 325 aa  50.1  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 277 aa  49.7  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 145 aa  49.7  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 128 aa  49.3  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 233 aa  48.9  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 183 aa  48.9  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  42.59 
 
 		 141 aa  48.9  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  64.29 
 
 		 140 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  46.94 
 
 		 118 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 128 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 182 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 156 aa  47.8  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 161 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 161 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 176 aa  47  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 161 aa  47  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  50 
 
 		 169 aa  47  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  42.59 
 
 		 156 aa  46.6  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 128 aa  46.2  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  40.32 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 286 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 187 aa  45.4  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 225 aa  45.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 190 aa  44.3  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 140 aa  44.3  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 191 aa  44.3  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 140 aa  43.9  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 191 aa  44.3  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 281 aa  43.9  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 390 aa  43.5  0.003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 197 aa  43.9  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 130 aa  43.5  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 143 aa  43.9  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 193 aa  43.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 187 aa  43.5  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  37.1 
 
 		 187 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 192 aa  42.7  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>