89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1647 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 118 aa  224  3e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  62.67 
 
 		 154 aa  84.3  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  54.44 
 
 		 118 aa  84.3  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  58.02 
 
 		 104 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  51.96 
 
 		 116 aa  80.5  0.000000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  54.32 
 
 		 148 aa  80.1  0.000000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  51.22 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  54.22 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 260 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 228 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  58.54 
 
 		 140 aa  62.8  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  57.81 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 115 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  55.56 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 119 aa  60.1  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  44.16 
 
 		 91 aa  60.5  0.000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  41.35 
 
 		 116 aa  60.1  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 104 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 135 aa  59.3  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 250 aa  57  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  44.59 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 103 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.83 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 106 aa  53.5  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  47.83 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  45.59 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  51.56 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  47.06 
 
 		 101 aa  51.6  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 245 aa  50.4  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 104 aa  50.4  0.000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  41.18 
 
 		 108 aa  50.1  0.000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  50.82 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  44.16 
 
 		 158 aa  49.3  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  45.59 
 
 		 150 aa  48.5  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 114 aa  48.5  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 150 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 156 aa  47.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 119 aa  47.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 116 aa  47.4  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 115 aa  47.8  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 120 aa  47  0.00008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  42.65 
 
 		 109 aa  47  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  47.14 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 85 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 118 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  44.23 
 
 		 153 aa  45.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  40.62 
 
 		 283 aa  44.7  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 500 aa  44.3  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  37.5 
 
 		 215 aa  43.9  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 165 aa  42.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  33.87 
 
 		 194 aa  43.5  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 496 aa  42.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  45.1 
 
 		 183 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 175 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 140 aa  42.4  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  51.16 
 
 		 119 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 145 aa  42  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 71 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 252 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 		 128 aa  42  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  56.41 
 
 		 124 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 201 aa  41.2  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  35.9 
 
 		 80 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 191 aa  41.2  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  41.38 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 225 aa  40.8  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  41.51 
 
 		 115 aa  40.8  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 162 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 128 aa  40.8  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  43.33 
 
 		 476 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.67 
 
 		 188 aa  40.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 277 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 106 aa  40.4  0.007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  41.27 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 325 aa  40.4  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 170 aa  40.4  0.009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>