More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1786 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  100 
 
 		 124 aa  247  5e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 124 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  47.5 
 
 		 130 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 110 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 124 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 165 aa  101  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  45.69 
 
 		 119 aa  97.8  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  44.63 
 
 		 155 aa  93.2  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 201 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 263 aa  83.6  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  41.53 
 
 		 129 aa  79.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  33.64 
 
 		 115 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  43.62 
 
 		 94 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 135 aa  71.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 112 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  35.14 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.65 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  45.68 
 
 		 86 aa  64.3  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  35.05 
 
 		 110 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 60 aa  58.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 62 aa  57  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 123 aa  55.8  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  42.62 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 112 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 112 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 123 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 103 aa  52  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 106 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 96 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  35.77 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  50.98 
 
 		 171 aa  50.8  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4158  XRE family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 403 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0178123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  33.9 
 
 		 112 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 127 aa  49.7  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 262 aa  49.7  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  47.06 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 302 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  53.06 
 
 		 195 aa  49.3  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4440  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 245 aa  48.9  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 200 aa  48.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2054  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 186 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.388224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 189 aa  48.1  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 197 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 85 aa  47.8  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  39.62 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 252 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  46.94 
 
 		 201 aa  47.8  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 109 aa  47.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  42.31 
 
 		 118 aa  47.4  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 255 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 77 aa  47.4  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  53.06 
 
 		 188 aa  47  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 204 aa  47  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 115 aa  47  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  47.83 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 285 aa  47  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 69 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 69 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 186 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2176  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  47.06 
 
 		 182 aa  46.2  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  46.2  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 222 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 197 aa  46.2  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 69 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 263 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3100  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 97 aa  46.2  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000473627  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 68 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  44.44 
 
 		 175 aa  45.4  0.0002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  46.81 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  44.26 
 
 		 366 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 219 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 182 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 68 aa  45.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 170 aa  45.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  42.03 
 
 		 89 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 219 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 475 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>