More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0273 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 115 aa  226  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  45.22 
 
 		 124 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  50.44 
 
 		 119 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 263 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 62 aa  76.3  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  33.64 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 201 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  38.94 
 
 		 143 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  38.33 
 
 		 155 aa  67  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  33.91 
 
 		 129 aa  59.3  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 496 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.54 
 
 		 315 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 178 aa  51.6  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 137 aa  51.2  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 89 aa  50.8  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 228 aa  50.8  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  38.18 
 
 		 201 aa  50.4  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 191 aa  50.4  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 197 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 500 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 140 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 260 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  47.27 
 
 		 196 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 256 aa  48.5  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.45 
 
 		 306 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.45 
 
 		 305 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 130 aa  48.9  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 255 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  40.38 
 
 		 180 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 198 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.32 
 
 		 317 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.32 
 
 		 327 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 118 aa  47.8  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 230 aa  48.1  0.00004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 183 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.18 
 
 		 323 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 101 aa  47.8  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  46 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 85 aa  47.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.64 
 
 		 338 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.32 
 
 		 374 aa  47.8  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 		 255 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 105 aa  47.4  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 505 aa  47.4  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 186 aa  47  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 191 aa  47.4  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 252 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 199 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 490 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.64 
 
 		 328 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  42.31 
 
 		 215 aa  46.2  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.64 
 
 		 305 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.64 
 
 		 317 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.45 
 
 		 316 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.64 
 
 		 294 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  45.28 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 116 aa  46.2  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 200 aa  47  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  41.07 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 		 342 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 106 aa  45.4  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 60 aa  46.2  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2064  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 		 299 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.471576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 145 aa  46.2  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 		 299 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  37.1 
 
 		 489 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 195 aa  46.2  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  29.27 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 		 299 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 128 aa  45.4  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 83 aa  45.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  46 
 
 		 196 aa  45.4  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 245 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  29.27 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0791  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 528 aa  45.4  0.0003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  45.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>