96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0604 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 138 aa  275  2e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 123 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  44.27 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  39.85 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  34.35 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  35.11 
 
 		 119 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  34.65 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  34.11 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  30.71 
 
 		 130 aa  64.7  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 115 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1114  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.67 
 
 		 120 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 165 aa  52.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  29.46 
 
 		 155 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.88 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.96581  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  28.03 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  40 
 
 		 143 aa  45.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3124  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 76 aa  45.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 117 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  32.82 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  32.82 
 
 		 129 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 106 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 117 aa  44.3  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 77 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 263 aa  44.3  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2672  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  41.82 
 
 		 508 aa  44.3  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  31.01 
 
 		 113 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 371 aa  43.9  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 474 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 176 aa  43.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  32.5 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 197 aa  42.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 		 255 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3680  helix-turn-helix domain protein  38.98 
 
 		 66 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  34.72 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 230 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 118 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.68 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  41.51 
 
 		 207 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 201 aa  41.6  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0143  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 825 aa  41.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.514651 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 490 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 112 aa  42  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 148 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 67 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 97 aa  42  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 256 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0858  XRE family transcriptional regulator  55.88 
 
 		 497 aa  42  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.359757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  38.33 
 
 		 377 aa  41.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  32.81 
 
 		 68 aa  41.2  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  36.67 
 
 		 376 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 78 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.82 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 200 aa  41.2  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 187 aa  41.2  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 202 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 513 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  40.8  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0167  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 86 aa  40.4  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101596  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2134  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.82 
 
 		 114 aa  40.8  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0677285  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2271  transcriptional regulator, XRE family  40.43 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.571583 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1887  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 94 aa  40  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 107 aa  40  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1686  putative phage repressor  45.45 
 
 		 220 aa  40  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 105 aa  40  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>