43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0868 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  510  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  52 
 
 		 119 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  45.97 
 
 		 124 aa  92.8  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 110 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 124 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 		 130 aa  89.4  6e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  45.3 
 
 		 115 aa  85.1  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.17 
 
 		 124 aa  83.6  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 165 aa  83.2  0.000000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 201 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 62 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  37.1 
 
 		 155 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  36.13 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 135 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.66 
 
 		 256 aa  53.9  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  37.14 
 
 		 143 aa  53.1  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  35.16 
 
 		 94 aa  52.8  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 156 aa  49.7  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  45.71 
 
 		 96 aa  48.9  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 109 aa  47.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 120 aa  46.6  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 255 aa  46.6  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  30.1 
 
 		 110 aa  46.2  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  34.13 
 
 		 137 aa  45.8  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 130 aa  45.4  0.0009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 300 aa  45.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  34.45 
 
 		 129 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  34.45 
 
 		 129 aa  44.3  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 130 aa  44.7  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 138 aa  44.3  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 69 aa  44.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 272 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  33 
 
 		 272 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 228 aa  42.7  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  42.7  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  36.23 
 
 		 118 aa  43.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  42.7  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 82 aa  42.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 123 aa  42.4  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 252 aa  42.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 118 aa  42.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4440  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 77 aa  42  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>