46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2413 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 129 aa  252  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  64.06 
 
 		 137 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 124 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  41.53 
 
 		 124 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  41.53 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.77 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  36.97 
 
 		 119 aa  74.3  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 201 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  39.2 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 263 aa  60.1  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  33.91 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  34.43 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0338  helix-turn-helix domain protein  39.22 
 
 		 397 aa  47  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 73 aa  45.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  41.18 
 
 		 180 aa  44.3  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 252 aa  43.9  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  31.93 
 
 		 129 aa  43.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.62 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 119 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  31.93 
 
 		 129 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  35.79 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 230 aa  42.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 171 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 120 aa  41.6  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 255 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 96 aa  41.2  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  46.15 
 
 		 207 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 187 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 237 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 505 aa  40.8  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  30.77 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0617  hypothetical protein  44.83 
 
 		 71 aa  40.8  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455371  hitchhiker  0.00000289495 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  43.86 
 
 		 80 aa  40.4  0.008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 62 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  38.6 
 
 		 237 aa  40.4  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 67 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 195 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>