25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3278 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  100 
 
 		 110 aa  223  7e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 109 aa  123  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  51.3 
 
 		 112 aa  101  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0666  XRE family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 114 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  40.54 
 
 		 115 aa  91.7  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5722  putative transcriptional regulator  46.67 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  35.05 
 
 		 124 aa  60.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  33.62 
 
 		 120 aa  59.7  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  32.76 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  32.76 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 165 aa  52.4  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  35.04 
 
 		 155 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 124 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 123 aa  50.8  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  34.65 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 263 aa  46.2  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  30.09 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1091  hypothetical protein  25 
 
 		 105 aa  40.4  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  27.5 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  67.86 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>