164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2542 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 165 aa  336  9e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  49.19 
 
 		 130 aa  114  5e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  45.69 
 
 		 124 aa  101  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  47.22 
 
 		 124 aa  91.3  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  46.73 
 
 		 124 aa  87.4  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 110 aa  87  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  43.93 
 
 		 119 aa  85.5  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  51.11 
 
 		 94 aa  85.5  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 201 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  48.65 
 
 		 115 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  36.7 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 135 aa  57.4  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  30.33 
 
 		 115 aa  56.2  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  35.62 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 137 aa  53.5  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  30.25 
 
 		 138 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 86 aa  53.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  33.01 
 
 		 110 aa  52.4  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  26.02 
 
 		 123 aa  51.2  0.000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 112 aa  51.2  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 106 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 109 aa  50.8  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  35.59 
 
 		 75 aa  48.5  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 60 aa  48.5  0.00004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 101 aa  48.1  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 79 aa  48.5  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 112 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 198 aa  47.8  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 96 aa  47.8  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 245 aa  47.4  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 112 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2371  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 165 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.111191  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 402 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 77 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  47.17 
 
 		 69 aa  46.6  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.89 
 
 		 342 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 390 aa  45.8  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  33.94 
 
 		 103 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 112 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 333 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 157 aa  45.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 195 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 333 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.07 
 
 		 120 aa  45.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 77 aa  45.1  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  36.05 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  32.04 
 
 		 120 aa  44.7  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 470 aa  44.3  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 470 aa  44.3  0.0007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  38.81 
 
 		 483 aa  44.7  0.0007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  38.6 
 
 		 68 aa  44.3  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 74 aa  44.7  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 68 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 188 aa  44.3  0.0009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 68 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 112 aa  43.9  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 505 aa  43.9  0.0009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 68 aa  43.9  0.0009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  37.29 
 
 		 488 aa  43.5  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 255 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.54 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1652  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 76 aa  43.9  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000422118  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 85 aa  43.5  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  29.91 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 72 aa  43.9  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  36.21 
 
 		 68 aa  43.9  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  29.91 
 
 		 129 aa  43.9  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 82 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4072  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 380 aa  42.7  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04250  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 186 aa  43.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0041  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0512908  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 94 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  40.32 
 
 		 120 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 212 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1242  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 432 aa  43.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0223131 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0620  transcriptional regulator  28.38 
 
 		 128 aa  43.1  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.855265  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2388  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.93 
 
 		 299 aa  42.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 90 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0356  XRE family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 216 aa  43.1  0.002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 80 aa  43.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2112  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.93 
 
 		 299 aa  42.7  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280682 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2675  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 422 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0980951  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 256 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.93 
 
 		 294 aa  43.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  40.38 
 
 		 77 aa  42.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  40.38 
 
 		 77 aa  42.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 218 aa  42.4  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0077  phage repressor like transcriptional regulator  39.29 
 
 		 207 aa  42.4  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 219 aa  42  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>