24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A3858 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  100 
 
 		 120 aa  248  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  99.17 
 
 		 120 aa  246  7e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  97.5 
 
 		 120 aa  245  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 119 aa  143  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  56.2 
 
 		 123 aa  137  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  46.92 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  39.18 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  34.29 
 
 		 115 aa  63.9  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  33.62 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0666  XRE family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 109 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 165 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  31.25 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4934  hypothetical protein  31.75 
 
 		 87 aa  41.6  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 124 aa  42  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 129 aa  41.6  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  30.25 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  28.83 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 346 aa  40.8  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5722  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 141 aa  40.4  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 247 aa  40.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>