34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0405 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 123 aa  252  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 119 aa  145  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  56.2 
 
 		 120 aa  137  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  57.02 
 
 		 120 aa  137  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  56.2 
 
 		 120 aa  137  7e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  51.91 
 
 		 157 aa  130  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 131 aa  124  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  34.43 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0666  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  33 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 165 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  30 
 
 		 110 aa  50.8  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 112 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  28.03 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  28.1 
 
 		 119 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 112 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3671  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.538584 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04261  conserved hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  38.78 
 
 		 229 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  38.78 
 
 		 229 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5900  hypothetical protein  33.33 
 
 		 87 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 112 aa  42  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  30.28 
 
 		 155 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 112 aa  42  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3331  XRE family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 109 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.925348  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4934  hypothetical protein  31.88 
 
 		 87 aa  41.6  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.976252 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 124 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 94 aa  40.4  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1091  hypothetical protein  28.32 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 124 aa  40  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>