126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1998 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  240  5e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  48.36 
 
 		 124 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  45.53 
 
 		 124 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 110 aa  110  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 		 263 aa  104  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  50.44 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  45.69 
 
 		 124 aa  97.8  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 201 aa  96.7  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  45.79 
 
 		 130 aa  94.7  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 165 aa  85.5  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  66.13 
 
 		 62 aa  82.8  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  42.02 
 
 		 137 aa  79.7  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  36.97 
 
 		 129 aa  74.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  37.5 
 
 		 155 aa  72  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  33.62 
 
 		 143 aa  68.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 123 aa  67.4  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  35.11 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  33.33 
 
 		 129 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  32.52 
 
 		 129 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  41.49 
 
 		 94 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 115 aa  53.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 82 aa  51.2  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 128 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 255 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 123 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 182 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 191 aa  47  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 245 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6164  hypothetical protein  38.46 
 
 		 132 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456474  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  28.1 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 323 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 228 aa  45.8  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  45.4  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 183 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  38.89 
 
 		 180 aa  45.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4150  hypothetical protein  41.82 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  39.66 
 
 		 60 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0059  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 61 aa  45.1  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2264  conjugal transfer protein TrbA  48.89 
 
 		 118 aa  44.7  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000000287063  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 277 aa  44.3  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 152 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 390 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0877  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 317 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.54694  normal  0.67724 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4657  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  43.5  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 128 aa  43.9  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 325 aa  43.5  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 156 aa  43.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 85 aa  42.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 260 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  31.25 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 60 aa  43.5  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0086  hipB protein, putative  51.35 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  30.09 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 83 aa  42.4  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 145 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  38 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4792  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 71 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0662158  normal  0.716445 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 165 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 128 aa  41.6  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 252 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 115 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  32.29 
 
 		 256 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 89 aa  41.6  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  34.62 
 
 		 180 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0746  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.248494  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  51.16 
 
 		 118 aa  41.6  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 109 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0556  hypothetical protein  41.3 
 
 		 49 aa  41.6  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0057041 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 71 aa  41.2  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 233 aa  41.2  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 106 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 197 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 181 aa  41.2  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 115 aa  41.2  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  34.55 
 
 		 156 aa  41.6  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 359 aa  41.2  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 75 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>