290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0316 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 191 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  84.18 
 
 		 191 aa  254  8e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  78.3 
 
 		 183 aa  173  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 277 aa  145  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  59.65 
 
 		 325 aa  141  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  51.7 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  60.36 
 
 		 145 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  64.42 
 
 		 128 aa  135  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  62.39 
 
 		 156 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  59.05 
 
 		 141 aa  130  7.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 176 aa  127  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  59.05 
 
 		 175 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  58.25 
 
 		 128 aa  124  8.000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 161 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 161 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 161 aa  123  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 145 aa  123  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  55.77 
 
 		 140 aa  121  5e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 182 aa  118  7e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  54.21 
 
 		 128 aa  116  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  50.94 
 
 		 170 aa  111  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  52.43 
 
 		 162 aa  106  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 156 aa  80.9  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  43.27 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  41.67 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 131 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  50.88 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  49.12 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 105 aa  53.9  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 185 aa  52  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 260 aa  51.6  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 223 aa  51.6  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 200 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 190 aa  51.6  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 185 aa  51.6  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 185 aa  51.6  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 185 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 185 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 185 aa  51.2  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 208 aa  50.8  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0917  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 192 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 132 aa  50.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  49.09 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 185 aa  50.1  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 228 aa  50.1  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 190 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 197 aa  50.1  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 191 aa  49.3  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 196 aa  48.9  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 154 aa  48.9  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 204 aa  48.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 101 aa  48.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 169 aa  47.8  0.00009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 260 aa  47.8  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  40 
 
 		 72 aa  47.8  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  45.45 
 
 		 107 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 252 aa  47.8  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  38.98 
 
 		 195 aa  47.4  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 119 aa  47.4  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  44.64 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 89 aa  47.4  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 181 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 186 aa  47  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 256 aa  47  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 83 aa  46.6  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 211 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 178 aa  47  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  41.18 
 
 		 119 aa  46.6  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  43.28 
 
 		 192 aa  47  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8486  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 115 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  33.59 
 
 		 382 aa  46.6  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  39.06 
 
 		 112 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 116 aa  47  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 184 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  28.12 
 
 		 152 aa  46.2  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  28.12 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 201 aa  46.2  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 205 aa  46.2  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 140 aa  46.2  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  44.83 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  28.12 
 
 		 186 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.79 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>