More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1448 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
117 aa  238  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 
145 aa  89  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  44.86 
 
 
128 aa  87.8  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  42.59 
 
 
140 aa  87  7e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  43.36 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  43.81 
 
 
175 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  42.2 
 
 
141 aa  85.1  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 
170 aa  83.6  7e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 
176 aa  83.6  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
182 aa  83.6  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 
161 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 
161 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 
161 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
128 aa  81.3  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  43.81 
 
 
145 aa  80.5  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  43.27 
 
 
277 aa  80.1  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
325 aa  78.6  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  43.27 
 
 
191 aa  78.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  43.27 
 
 
191 aa  77.8  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
233 aa  77.4  0.00000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  45.71 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  44.04 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  43.27 
 
 
162 aa  75.5  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  43.12 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 
190 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
97 aa  54.3  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
187 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
97 aa  54.3  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
69 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2141  helix-turn-helix domain protein  35.62 
 
 
82 aa  53.5  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
69 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
69 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  38.81 
 
 
107 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 
105 aa  53.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
117 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 
190 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 
187 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  40 
 
 
232 aa  51.6  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
113 aa  51.2  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
197 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  43.33 
 
 
186 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 
94 aa  51.2  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
91 aa  50.8  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
72 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 
68 aa  50.8  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  43.33 
 
 
186 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  31.4 
 
 
131 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 
83 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 
68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 
288 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
68 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 
217 aa  48.9  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06250  predicted transcriptional regulator  37.31 
 
 
256 aa  49.3  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 
107 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  39.34 
 
 
196 aa  48.5  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 
173 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 
173 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  41.67 
 
 
186 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  38.89 
 
 
73 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
186 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 
189 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 
68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  41.67 
 
 
186 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  41.67 
 
 
186 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 
213 aa  48.1  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 
173 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  30.58 
 
 
132 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  37.88 
 
 
152 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.94 
 
 
72 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
182 aa  47.4  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  32.18 
 
 
99 aa  47  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.94 
 
 
72 aa  47  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  47  0.00009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  37.68 
 
 
181 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  31.87 
 
 
109 aa  46.6  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 
201 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 
72 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 
182 aa  46.2  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 
76 aa  46.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  34.92 
 
 
436 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.91 
 
 
192 aa  46.2  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 
223 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
190 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
224 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>