More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4201 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 128 aa  253  8e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 161 aa  139  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  62.73 
 
 		 128 aa  137  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  56.78 
 
 		 141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  60.55 
 
 		 176 aa  134  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  61.47 
 
 		 325 aa  134  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  59.82 
 
 		 182 aa  134  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  60.17 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  55.56 
 
 		 140 aa  132  9.999999999999999e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  64.22 
 
 		 128 aa  132  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  64.15 
 
 		 156 aa  131  3e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 233 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  60.19 
 
 		 277 aa  130  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  62.96 
 
 		 165 aa  126  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  55.83 
 
 		 175 aa  123  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  53.72 
 
 		 170 aa  121  3e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  52.34 
 
 		 145 aa  120  8e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 191 aa  114  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  55.77 
 
 		 162 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 191 aa  113  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  55.45 
 
 		 183 aa  109  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  49.5 
 
 		 156 aa  85.9  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  45.71 
 
 		 117 aa  77.4  0.00000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  40.26 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  38.96 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  40.26 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  39.13 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 129 aa  54.7  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 223 aa  53.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 131 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 105 aa  50.4  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 252 aa  49.7  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 197 aa  49.7  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 191 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 228 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 250 aa  49.3  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 186 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 71 aa  49.3  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1142  transcriptional regulator, XRE family  34.74 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000709447  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 70 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  40.68 
 
 		 119 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 187 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.65 
 
 		 203 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 196 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 83 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 132 aa  47.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  39.13 
 
 		 113 aa  47  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8704  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 223 aa  47  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.264618 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 119 aa  47  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  33.6 
 
 		 130 aa  47  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 199 aa  47  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  39.34 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  44.44 
 
 		 204 aa  46.2  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 197 aa  46.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 190 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  46.3 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  42 
 
 		 142 aa  45.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  35.48 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 101 aa  46.2  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2395  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 239 aa  45.4  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 187 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 109 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 206 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 72 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  46.3 
 
 		 245 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 68 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  34.21 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  34.21 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 234 aa  45.4  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4440  transcriptional regulator, XRE family  33.93 
 
 		 77 aa  45.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 187 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  32.65 
 
 		 187 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0828  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 282 aa  45.4  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  40 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>