136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_217 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  266  8e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  50.79 
 
 		 131 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1953  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 223 aa  63.5  0.0000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 191 aa  62  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  40 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 206 aa  60.5  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2395  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 239 aa  60.1  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 161 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 325 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  38.03 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 182 aa  57  0.00000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 277 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4661  XRE family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 128 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  41.43 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  28.1 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1142  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000709447  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 162 aa  53.5  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0962  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 109 aa  53.5  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0119843  n/a   
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5593  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 118 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 145 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0023  transcriptional regulator  32.32 
 
 		 108 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.181624 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0300  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.223259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0372  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 209 aa  48.9  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00901848  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  38.16 
 
 		 131 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2614  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.105443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2662  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2854  XRE family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0770075  normal  0.3412 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0148  transcriptional regulator, XRE family  29.29 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0364  phage repressor  33.33 
 
 		 117 aa  47  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4441  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 		 274 aa  46.2  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  31.4 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 129 aa  45.4  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 188 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 210 aa  45.4  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 186 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 505 aa  45.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 140 aa  45.4  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03070  predicted transcriptional regulator  31.75 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 197 aa  44.7  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 187 aa  44.7  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  32.5 
 
 		 195 aa  43.9  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02293  putative transcription regulator protein  29.46 
 
 		 182 aa  43.9  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.40687 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 197 aa  43.9  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 292 aa  43.5  0.0009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2295  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 106 aa  42.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.302272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  34.33 
 
 		 152 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 201 aa  43.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  26.79 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 79 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  32.81 
 
 		 194 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0551  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 106 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 211 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  31.88 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 191 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 77 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2387  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 181 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0082  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.815457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>