More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3149 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 113 aa  228  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  77.88 
 
 		 128 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  89.01 
 
 		 109 aa  170  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  78.76 
 
 		 113 aa  167  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  55.86 
 
 		 107 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 120 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 81 aa  62  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 71 aa  60.8  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 90 aa  60.1  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 86 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  42.17 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  49.18 
 
 		 245 aa  57  0.00000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 72 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.88 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 69 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.88 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  43.55 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 80 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 252 aa  53.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  40.91 
 
 		 86 aa  52  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 70 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0231  hypothetical protein  44.62 
 
 		 161 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 118 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1421  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 327 aa  50.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  41.33 
 
 		 88 aa  50.4  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 79 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1393  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 76 aa  50.1  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 96 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4608  DNA-binding protein  44.07 
 
 		 66 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.138106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  40 
 
 		 236 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  40.85 
 
 		 80 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.78 
 
 		 315 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 374 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 333 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0092  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.67 
 
 		 316 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 84 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4004  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 143 aa  48.9  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 197 aa  48.9  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 276 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 317 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0729  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 67 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0610  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081465  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  38.1 
 
 		 190 aa  48.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0750  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000884285 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0764  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0661  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0605  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.769041  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0606  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.393584  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0695  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0195  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0823  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 66 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0103184  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0189  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  40.26 
 
 		 84 aa  47.8  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3658  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.94 
 
 		 318 aa  47.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 193 aa  47.8  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 390 aa  47.4  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 76 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 71 aa  47.4  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0167  helix-turn-helix/TPR domain-containing protein  38.33 
 
 		 421 aa  47  0.00008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0219  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 324 aa  47  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.855188  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0295  helix-turn-helix/TPR domain protein  38.33 
 
 		 421 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  39.13 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  37.97 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 193 aa  46.2  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.11 
 
 		 309 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  46.94 
 
 		 73 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 93 aa  46.2  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  35.53 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 179 aa  45.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>