289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3025 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 84 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.05 
 
 		 80 aa  75.5  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 72 aa  60.5  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 76 aa  59.3  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 86 aa  57.4  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  42.03 
 
 		 75 aa  57  0.00000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 		 90 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 110 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 75 aa  53.5  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  53.5  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  45 
 
 		 87 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 90 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 230 aa  51.2  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  48 
 
 		 96 aa  51.2  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 76 aa  50.4  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  39.06 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.44 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 57 aa  49.7  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 212 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 179 aa  50.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  40.62 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4529  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2143  helix-turn-helix domain protein  36.62 
 
 		 82 aa  48.9  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1097  transcription regulator protein  33.82 
 
 		 113 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.34059 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 200 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 80 aa  48.9  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 205 aa  48.5  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 183 aa  48.5  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 71 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 380 aa  48.1  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 187 aa  47.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  40.38 
 
 		 68 aa  48.1  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 109 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  33.8 
 
 		 200 aa  47.8  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 81 aa  47  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 74 aa  47  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  40 
 
 		 69 aa  47  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 73 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 179 aa  47  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 179 aa  47  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 179 aa  46.2  0.0001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 185 aa  46.2  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1019  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 113 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 74 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 88 aa  46.2  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  27.69 
 
 		 67 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2542  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 116 aa  46.2  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.054294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 94 aa  46.2  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 115 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 72 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  33.33 
 
 		 67 aa  45.8  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 185 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2665  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000943632  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 181 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0332  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 201 aa  45.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.865127  normal  0.108372 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 320 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 233 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  39.71 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  39.71 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 181 aa  45.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  34.33 
 
 		 338 aa  45.4  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  33.85 
 
 		 316 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  34.92 
 
 		 194 aa  45.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 88 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0772  putative transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 199 aa  45.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 185 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3082  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 91 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.651052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>