288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0130 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 78 aa  150  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 78 aa  150  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 72 aa  77  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  50.72 
 
 		 72 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 76 aa  71.6  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 72 aa  70.5  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  49.25 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 85 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 71 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 70 aa  62.8  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  45.59 
 
 		 75 aa  61.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 79 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  43.75 
 
 		 67 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  46.97 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  34.29 
 
 		 101 aa  58.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 230 aa  53.5  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 74 aa  53.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  48.48 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 		 89 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  48.48 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 84 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 72 aa  52  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.1 
 
 		 68 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 82 aa  51.6  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 73 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.29 
 
 		 188 aa  51.2  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  43.75 
 
 		 68 aa  51.6  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 176 aa  51.6  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 90 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  37.68 
 
 		 94 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  45.31 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  50.8  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  38.24 
 
 		 75 aa  50.8  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 72 aa  50.8  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 78 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 91 aa  50.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  37.68 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  36.67 
 
 		 81 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 179 aa  49.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 73 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 87 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 91 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  40 
 
 		 469 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  38.33 
 
 		 87 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  38.33 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 300 aa  48.5  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2294  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.91 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00599682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.85 
 
 		 178 aa  48.1  0.00004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2009  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 93 aa  47.4  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 66 aa  47.4  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  33.85 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 80 aa  47.4  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 69 aa  47  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  42.86 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  39.39 
 
 		 81 aa  46.2  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  40 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2542  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 116 aa  46.6  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.054294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>