119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0519 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 91 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  52.13 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  49.43 
 
 		 91 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 97 aa  91.7  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  53.41 
 
 		 97 aa  91.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  53.41 
 
 		 97 aa  91.7  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  50 
 
 		 90 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 96 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  51.14 
 
 		 97 aa  90.1  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 96 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  50 
 
 		 96 aa  86.7  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 97 aa  85.5  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  51.81 
 
 		 101 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  48.24 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  48.86 
 
 		 101 aa  84  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  55.07 
 
 		 78 aa  75.1  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  54.17 
 
 		 78 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 98 aa  71.2  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 98 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  40.24 
 
 		 117 aa  66.2  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  42.53 
 
 		 107 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 82 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 95 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 81 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  38.81 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  36.05 
 
 		 146 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 93 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 77 aa  52.8  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 84 aa  52  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.88 
 
 		 113 aa  51.2  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 154 aa  50.8  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 72 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  37.5 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.82 
 
 		 72 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 230 aa  47.4  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 79 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3404  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 424 aa  45.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 163 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  34.85 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  34.85 
 
 		 114 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 85 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  37.29 
 
 		 107 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 72 aa  44.7  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 74 aa  44.3  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 99 aa  44.3  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 82 aa  43.9  0.0007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 79 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 		 90 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  38.78 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3290  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.605967 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 106 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3185  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 421 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 81 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 69 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 100 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 96 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 69 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 69 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 90 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  33.93 
 
 		 113 aa  41.2  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  42.55 
 
 		 188 aa  41.2  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>