281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5402 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 74 aa  149  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  60.87 
 
 		 72 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  64.18 
 
 		 76 aa  85.1  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  61.19 
 
 		 72 aa  84.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  61.19 
 
 		 85 aa  78.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  55.07 
 
 		 87 aa  77.8  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 78 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  53.52 
 
 		 78 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 76 aa  73.6  0.0000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  44.62 
 
 		 77 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 78 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 82 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 96 aa  63.9  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 72 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.26 
 
 		 178 aa  60.5  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 70 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 88 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  51.67 
 
 		 77 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  51.67 
 
 		 77 aa  57  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 57 aa  57  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 71 aa  56.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40 
 
 		 67 aa  56.2  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  37.88 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.94 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 91 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 84 aa  55.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 90 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  43.08 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 94 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 76 aa  53.9  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 93 aa  53.5  0.0000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 75 aa  53.5  0.0000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 94 aa  52.8  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  43.55 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 76 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3137  DNA-binding protein  40 
 
 		 195 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 81 aa  52.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  39.71 
 
 		 154 aa  51.6  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 79 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0024  helix-turn-helix domain-containing protein  43.55 
 
 		 80 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.720603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  42.31 
 
 		 175 aa  51.2  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1428  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 192 aa  50.8  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0895  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2019  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.649802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3191  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.479355  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3174  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.9176  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1881  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 79 aa  50.4  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 100 aa  50.4  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 113 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  38.46 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 178 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 87 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 86 aa  49.7  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  33.33 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 89 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 90 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  40 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.19 
 
 		 154 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 201 aa  47.8  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  41.27 
 
 		 80 aa  47.4  0.00006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>