More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1136 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 77 aa  156  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  64.86 
 
 		 75 aa  98.6  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 120 aa  72.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.57 
 
 		 81 aa  72.4  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 230 aa  71.2  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 85 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 78 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 390 aa  67  0.00000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 120 aa  67.4  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  49.3 
 
 		 77 aa  67  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  52.54 
 
 		 72 aa  67  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  52.54 
 
 		 72 aa  67  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  49.3 
 
 		 77 aa  67  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 74 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 83 aa  65.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 101 aa  64.7  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.67 
 
 		 72 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.67 
 
 		 72 aa  63.9  0.0000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.45 
 
 		 67 aa  63.5  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 71 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 93 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  45.07 
 
 		 82 aa  62  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 79 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 70 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 81 aa  60.8  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 75 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 101 aa  60.5  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  46.15 
 
 		 87 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 72 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 78 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 57 aa  58.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 77 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 70 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 78 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 78 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 76 aa  58.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 90 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 75 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  57.45 
 
 		 213 aa  57  0.00000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  37.68 
 
 		 75 aa  57  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 72 aa  57  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  43.75 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 154 aa  57  0.00000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.55 
 
 		 68 aa  57  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 72 aa  57  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 76 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 75 aa  56.6  0.0000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4575  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.810922 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 84 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 69 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  49.15 
 
 		 76 aa  55.5  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  46.67 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 74 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 74 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  34.78 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 71 aa  55.1  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 73 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 72 aa  55.5  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 116 aa  55.1  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 100 aa  54.3  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  47.54 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 76 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 83 aa  53.5  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 72 aa  53.5  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 90 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 110 aa  53.5  0.0000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  40.3 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  37.31 
 
 		 69 aa  52.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>