225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0794 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
101 aa  210  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  52.94 
 
 
76 aa  77  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 
72 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 
72 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 
76 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 
76 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  46.88 
 
 
81 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 
77 aa  64.7  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 
86 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 
79 aa  63.9  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  47.62 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  50.94 
 
 
74 aa  63.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  47.76 
 
 
75 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.8 
 
 
129 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  55.77 
 
 
72 aa  62.8  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  41.67 
 
 
94 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  58.18 
 
 
120 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
75 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  50.85 
 
 
72 aa  62  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  43.48 
 
 
87 aa  62  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  43.48 
 
 
84 aa  61.6  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
94 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 
390 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  47.62 
 
 
66 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
81 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  48.39 
 
 
90 aa  60.5  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  43.42 
 
 
81 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.15 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 
85 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
81 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  52.63 
 
 
78 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
91 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
76 aa  57.8  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  48.48 
 
 
90 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 
81 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
83 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 
83 aa  57  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
93 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
90 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
76 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  55.77 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  55.77 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 
101 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 
83 aa  55.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
80 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 
90 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  42.19 
 
 
86 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
76 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
73 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
73 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
104 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
73 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 
93 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.31 
 
 
80 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 
91 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  63.89 
 
 
89 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1629  XRE family transcriptional regulator  59.57 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
57 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  43.28 
 
 
93 aa  52.8  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
88 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 
89 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 
74 aa  51.2  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
230 aa  50.4  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  43.33 
 
 
75 aa  49.7  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 
120 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
100 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
74 aa  49.7  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  47.37 
 
 
80 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 
101 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0873  DNA-binding protein, putative  37.31 
 
 
222 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 
98 aa  49.3  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 
112 aa  48.9  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0791  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
214 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 
84 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
79 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
78 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 
106 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 
97 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 
81 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2538  transcriptional regulator, XRE family  36.05 
 
 
145 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0200677  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
97 aa  48.1  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 
99 aa  48.1  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1210  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 
209 aa  48.1  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>