149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4174 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  161  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  69.14 
 
 		 81 aa  116  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  69.14 
 
 		 81 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 104 aa  99  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 81 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 81 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  69.23 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  63.08 
 
 		 66 aa  88.2  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  54.32 
 
 		 81 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  53.09 
 
 		 93 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  54.32 
 
 		 81 aa  84  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 76 aa  70.9  0.000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 98 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 97 aa  59.7  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  50.91 
 
 		 68 aa  60.1  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  45.9 
 
 		 68 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 75 aa  58.5  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  44.16 
 
 		 81 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 68 aa  57.4  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  46.67 
 
 		 73 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  45.59 
 
 		 107 aa  57  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  45.83 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  41.67 
 
 		 87 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  41.27 
 
 		 84 aa  55.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 72 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  43.55 
 
 		 70 aa  55.5  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 100 aa  55.1  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1891  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.810852  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3457  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 97 aa  55.1  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 90 aa  54.3  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 74 aa  54.3  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 99 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  48.44 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  48.44 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  42.62 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  44.62 
 
 		 69 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 79 aa  53.1  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  50.94 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  43.33 
 
 		 68 aa  53.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 390 aa  52  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 76 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  45.16 
 
 		 69 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 81 aa  52  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  43.33 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  39.71 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 85 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 80 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  42.62 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 96 aa  50.4  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  42.62 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  39.68 
 
 		 67 aa  50.1  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 		 83 aa  50.1  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 83 aa  50.1  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 90 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 85 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 112 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 79 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 97 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 83 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  42.65 
 
 		 80 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  41.82 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 101 aa  47.4  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 86 aa  47.4  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 112 aa  47.4  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  42.19 
 
 		 75 aa  47  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 90 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.31 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 86 aa  46.2  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 75 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 97 aa  45.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.86 
 
 		 305 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  37.1 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>