160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1080 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_1080  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 83 aa  170  5e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.492824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  46.15 
 
 		 73 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 84 aa  56.6  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0107  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.396345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 77 aa  53.5  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 85 aa  53.5  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  34.25 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 91 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  34.38 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 120 aa  51.2  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  35 
 
 		 75 aa  50.8  0.000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 74 aa  50.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  41.54 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  50.4  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 93 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 81 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  34.38 
 
 		 72 aa  49.7  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  36.67 
 
 		 87 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  36.67 
 
 		 84 aa  49.7  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 120 aa  49.3  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  37.66 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  32.81 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 81 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0697  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 90 aa  47.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 76 aa  47.8  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 83 aa  47.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 104 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 79 aa  47.4  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 81 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 101 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.75 
 
 		 129 aa  47  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 67 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2883  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 71 aa  46.6  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2870  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 83 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 101 aa  45.4  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 390 aa  45.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  31.34 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  30.65 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 96 aa  45.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 97 aa  46.2  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  39.68 
 
 		 217 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  39.68 
 
 		 217 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  39.68 
 
 		 217 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2408  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 129 aa  44.7  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0754748  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  34.38 
 
 		 70 aa  45.1  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0271  hypothetical protein  35.29 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4271  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4410  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 122 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 86 aa  44.3  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 88 aa  44.3  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0983  transcriptional regulator, XRE family  31.08 
 
 		 80 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.525138  normal  0.0218109 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3420  transcriptional regulator, XRE family protein  37.5 
 
 		 68 aa  43.9  0.0007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4018  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 68 aa  44.3  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 78 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 91 aa  43.9  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 128 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  32.81 
 
 		 66 aa  43.5  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0883  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 116 aa  43.5  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 90 aa  43.5  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 112 aa  43.5  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9872  hypothetical protein  36.92 
 
 		 158 aa  43.5  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  28.33 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  32.05 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  29.85 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>