181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2655 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 80 aa  161  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  84.81 
 
 		 81 aa  138  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  51.39 
 
 		 83 aa  73.6  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  55.38 
 
 		 89 aa  70.9  0.000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 		 72 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  53.03 
 
 		 72 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  48.53 
 
 		 93 aa  68.6  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  48.05 
 
 		 101 aa  66.6  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 230 aa  62.8  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  48.28 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  46.03 
 
 		 72 aa  60.5  0.000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  46.03 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 93 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 78 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 76 aa  58.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  54.35 
 
 		 90 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 83 aa  56.6  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 66 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  46.43 
 
 		 67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 81 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 390 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 74 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 85 aa  55.1  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 		 77 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  44.26 
 
 		 67 aa  54.3  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  54.24 
 
 		 79 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  54.17 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  54.17 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 78 aa  53.5  0.0000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 81 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 91 aa  52.4  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 104 aa  51.2  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  56.25 
 
 		 80 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 84 aa  51.6  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 78 aa  50.8  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  44.64 
 
 		 75 aa  50.4  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  47.06 
 
 		 81 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2116  hypothetical protein  43.1 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 101 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.67 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3538  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.902272  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  50.79 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  46.77 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  37.1 
 
 		 73 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 81 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 71 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 105 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 74 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 97 aa  47.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.86 
 
 		 129 aa  47.4  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 97 aa  47.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  41.67 
 
 		 196 aa  47.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0675  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 213 aa  47  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00384462  hitchhiker  0.000593607 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 75 aa  46.2  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 110 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0751  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 90 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 144 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 90 aa  46.2  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  56 
 
 		 82 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 77 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  38.6 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  38.6 
 
 		 84 aa  45.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 97 aa  45.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1824  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 75 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>