266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0596 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 90 aa  185  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 83 aa  64.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  55 
 
 		 75 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  40.96 
 
 		 81 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  45.45 
 
 		 67 aa  61.6  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  43.59 
 
 		 101 aa  61.2  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  61.2  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 76 aa  60.1  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 76 aa  60.1  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 230 aa  60.1  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 78 aa  60.1  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 90 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 74 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  47.62 
 
 		 72 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 76 aa  58.5  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 67 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  38.57 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  39.71 
 
 		 94 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  38.57 
 
 		 72 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 91 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 94 aa  57  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 96 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 80 aa  57  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 79 aa  57  0.00000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6540  XRE family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 113 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 68 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1199  subunit S of type I restriction-modification system  43.66 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0196  subunit S of type I restriction-modification system  43.66 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.525048 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 69 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 81 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 78 aa  55.5  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 91 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  45.9 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 104 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 85 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.47 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4174  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.852413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 390 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2009  DNA-binding protein  40 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0175635  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  51.79 
 
 		 93 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 90 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 73 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1957  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 89 aa  53.9  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 73 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 73 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 101 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 80 aa  52.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 81 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 79 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 81 aa  52  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 120 aa  51.6  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 69 aa  51.6  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1052  hypothetical protein  31.75 
 
 		 84 aa  51.2  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  48.33 
 
 		 154 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 131 aa  51.2  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2326  hypothetical protein  31.75 
 
 		 87 aa  51.2  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 77 aa  50.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  40.85 
 
 		 94 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0687  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0236581  normal  0.500342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 90 aa  50.4  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3025  XRE family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 84 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  36.07 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 85 aa  49.7  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.94 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 91 aa  49.7  0.00002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 71 aa  48.9  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 72 aa  48.9  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 83 aa  48.9  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 76 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>