228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0965 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  270  3e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  62.6 
 
 		 129 aa  146  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  62.32 
 
 		 85 aa  92  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 79 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 76 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 76 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 75 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 84 aa  64.7  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2338  helix-turn-helix domain protein  52.63 
 
 		 82 aa  64.3  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 76 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  39.51 
 
 		 101 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0645  transcriptional regulator, XRE family  52.83 
 
 		 74 aa  61.6  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000232876  normal  0.586198 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 77 aa  57.8  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 74 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 91 aa  57  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  43.06 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  50.94 
 
 		 93 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  51.85 
 
 		 70 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 78 aa  55.1  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  49.12 
 
 		 72 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  54.3  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 81 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 93 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 57 aa  53.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 72 aa  53.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 69 aa  53.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 71 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  40.68 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 84 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 86 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 81 aa  52  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 71 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  47.37 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 79 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4534  helix-turn-helix domain protein  43.4 
 
 		 80 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  48.39 
 
 		 154 aa  52  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 83 aa  51.6  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  46.03 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 256 aa  51.2  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 145 aa  51.2  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 75 aa  50.8  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 230 aa  50.8  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 76 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 76 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5594  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5414  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.207419  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1436  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 83 aa  49.7  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.118358  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1450  helix-turn-helix domain protein  37.68 
 
 		 93 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.847526  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 76 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 154 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  37.5 
 
 		 196 aa  48.5  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  44.23 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 76 aa  48.1  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  38.89 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  43.33 
 
 		 68 aa  47.8  0.00005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 90 aa  47  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 81 aa  47  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 68 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  36.07 
 
 		 75 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 91 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2408  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0754748  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 112 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 81 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 100 aa  45.4  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>