145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4630 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  100 
 
 		 94 aa  190  7e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  52.13 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  52.75 
 
 		 96 aa  90.1  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  48.28 
 
 		 91 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  49.45 
 
 		 96 aa  87  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  52.33 
 
 		 98 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  53.01 
 
 		 97 aa  85.9  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  47.25 
 
 		 101 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 97 aa  84.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 96 aa  84.3  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  51.81 
 
 		 97 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 101 aa  84  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 97 aa  83.6  9e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  50.6 
 
 		 95 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  49.4 
 
 		 97 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  44.71 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36020  Transcriptional regulator Cro/CI-like protein  55.56 
 
 		 78 aa  72.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3737  helix-turn-helix domain-containing protein  51.39 
 
 		 78 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 102 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  38.55 
 
 		 117 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3625  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 98 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  48.35 
 
 		 107 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 93 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0043  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 98 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 81 aa  58.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 84 aa  57  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  35.48 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4814  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 82 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.577182 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 72 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 95 aa  52  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 79 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 90 aa  50.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5917  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.88 
 
 		 113 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.19317  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 70 aa  49.3  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 230 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  38.61 
 
 		 505 aa  47.8  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  42.05 
 
 		 489 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 67 aa  47.4  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 74 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 72 aa  46.6  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 154 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 77 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.19 
 
 		 72 aa  45.4  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  35.29 
 
 		 154 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  35.19 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 85 aa  44.7  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  35.19 
 
 		 90 aa  44.7  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 97 aa  44.7  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 84 aa  44.3  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 131 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 185 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 72 aa  44.3  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 285 aa  43.9  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 74 aa  43.9  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 97 aa  43.5  0.0009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  32.35 
 
 		 107 aa  42.7  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3404  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 424 aa  42.7  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3837  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 68 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 87 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1570  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 233 aa  42.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 118 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 57 aa  42.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  45.71 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 490 aa  42.4  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 68 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  32.84 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  32.94 
 
 		 234 aa  42  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  32.89 
 
 		 87 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 97 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 106 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  39.34 
 
 		 200 aa  42  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 256 aa  42  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 255 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 98 aa  41.2  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  31.82 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>