More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0843 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 71 aa  141  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  71.21 
 
 		 78 aa  97.4  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  63.38 
 
 		 75 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 78 aa  66.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  44.78 
 
 		 72 aa  63.5  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 72 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 72 aa  62  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  39.13 
 
 		 87 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2793  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 76 aa  60.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 84 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1848  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 76 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 72 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 91 aa  57.4  0.00000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5402  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  35.21 
 
 		 101 aa  55.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  55.8  0.0000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 68 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 77 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 73 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  41.54 
 
 		 90 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3171  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 85 aa  54.3  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 230 aa  53.9  0.0000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 190 aa  53.9  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 79 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 186 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 73 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0340  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  43.94 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 69 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 73 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 87 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3995  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 120 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 72 aa  51.2  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 89 aa  51.6  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.46 
 
 		 67 aa  51.6  0.000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 76 aa  51.2  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5417  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.602876  normal  0.653324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  45 
 
 		 187 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 100 aa  50.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5036  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 72 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.899436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.9 
 
 		 189 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  45.9 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 187 aa  49.7  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 178 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0814  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 185 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 178 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 86 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 185 aa  49.7  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  37.31 
 
 		 233 aa  48.9  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 252 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 90 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6741  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 58 aa  49.3  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0202746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 68 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0577  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 82 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0298135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 68 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 68 aa  48.9  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 101 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 68 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 140 aa  48.1  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 101 aa  48.1  0.00005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  35.38 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 112 aa  47.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 90 aa  48.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2403  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  31.88 
 
 		 185 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 		 198 aa  47.4  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 256 aa  47.4  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0921  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 260 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.746837  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 90 aa  47.4  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3403  putative transcriptional regulator  40.91 
 
 		 183 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 300 aa  47.4  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0872  transcriptional regulator  40 
 
 		 192 aa  47.4  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.62802  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 75 aa  47  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2292  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 96 aa  47  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.183248  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0929  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 224 aa  46.2  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.145461  normal  0.153472 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  30.43 
 
 		 185 aa  46.6  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2614  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 248 aa  47  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.325655  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>