77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6741 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6741  putative transcriptional regulator  100 
 
 
58 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0202746  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  76 
 
 
72 aa  85.5  2e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  56.6 
 
 
84 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  64 
 
 
72 aa  72  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  59.62 
 
 
72 aa  69.7  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  58 
 
 
72 aa  67.8  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  46 
 
 
75 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
71 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  41.67 
 
 
72 aa  47.8  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  41.67 
 
 
72 aa  47.8  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
333 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4255  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
333 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000524025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3490  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.23046  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0337  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
76 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0583349  normal  0.335191 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3803  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
76 aa  45.4  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151697  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2572  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
76 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3624  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
75 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1155  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
76 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 
87 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 
77 aa  44.3  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 
101 aa  44.3  0.0006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 
91 aa  44.3  0.0006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3034  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 
82 aa  43.9  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.123448  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  46.81 
 
 
114 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.96581  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
188 aa  43.9  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  40.82 
 
 
86 aa  43.9  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
86 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 
76 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0910  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.27 
 
 
106 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 
154 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 
83 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4437  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4285  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 
60 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 
105 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4256  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.949593  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
112 aa  42.7  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4371  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4325  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 
182 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.735671  normal  0.293625 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
70 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 
79 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  39.34 
 
 
184 aa  41.6  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
72 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 
68 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 
72 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 
68 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  46.81 
 
 
68 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
84 aa  41.6  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  46.81 
 
 
68 aa  41.6  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.43 
 
 
81 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
77 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 
513 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4967  transcriptional regulator, XRE family  46.51 
 
 
218 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.454469  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0813  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 
66 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.284678  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
75 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2655  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 
80 aa  41.2  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 
90 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 
230 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1986  transcriptional regulator, XRE family  35.42 
 
 
101 aa  40.8  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0615547  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  43.9 
 
 
94 aa  40.8  0.006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  46.51 
 
 
206 aa  40.8  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1957  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
208 aa  40.8  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.210401  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  46.34 
 
 
209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  36.59 
 
 
96 aa  40.8  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 
209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 
89 aa  40.4  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 
67 aa  40.8  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03313  transcriptional regulator, Cro/CI family protein  42.22 
 
 
175 aa  40.8  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 
81 aa  40.4  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
91 aa  40.4  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
201 aa  40.4  0.009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  44.68 
 
 
90 aa  40.4  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3834  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 
79 aa  40  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2712  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 
134 aa  40  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1798  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 
135 aa  40  0.01  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.853866  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>