261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0172 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 75 aa  152  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 72 aa  71.2  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 72 aa  70.5  0.000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 83 aa  69.7  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 72 aa  67.8  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 84 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 76 aa  64.7  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50.85 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  41.33 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 100 aa  58.2  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 87 aa  55.5  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 69 aa  54.7  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 74 aa  54.3  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 72 aa  52  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  46.15 
 
 		 225 aa  52  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  36.92 
 
 		 67 aa  52  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 154 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 90 aa  51.2  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 131 aa  50.8  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 69 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2134  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 85 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.123571  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 195 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  48.15 
 
 		 216 aa  50.1  0.000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  39.73 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  39.73 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 190 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  39.73 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  39.73 
 
 		 186 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  39.73 
 
 		 152 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 198 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0914  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 96 aa  48.9  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 227 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 227 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 197 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  40.32 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  42.19 
 
 		 186 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  41.54 
 
 		 88 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2330  helix-turn-helix domain-containing protein  43.94 
 
 		 203 aa  49.3  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.699676  decreased coverage  0.000887341 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 219 aa  48.5  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  39.34 
 
 		 69 aa  48.5  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 81 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 72 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 245 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0596  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2292  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.183248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 75 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 71 aa  47.8  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 105 aa  47.8  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 72 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  47.4  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  36.92 
 
 		 68 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 78 aa  47.4  0.00008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  35.38 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 57 aa  47  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  47  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 80 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 80 aa  47  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1554  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.902215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4969  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 86 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 201 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 211 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 474 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  40.98 
 
 		 196 aa  46.2  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  37.88 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 198 aa  45.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 300 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5087  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000142264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 234 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 219 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1959  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 73 aa  45.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.127837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3268  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 104 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 77 aa  45.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0455  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 78 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181853  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 78 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4216  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 333 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  32.84 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  35.82 
 
 		 233 aa  44.7  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 94 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>