More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0504 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  100 
 
 		 75 aa  149  8e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  45.83 
 
 		 76 aa  69.3  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 74 aa  56.2  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  45.16 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0965  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.476266  normal  0.0356883 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.18 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 154 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 81 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2232  Cro/CI family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 177 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 187 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0985  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 83 aa  52.8  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00196627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0197  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 190 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0555347  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6641  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  36.36 
 
 		 342 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.451308  normal  0.130059 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1855  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.21785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3441  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 187 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.404086 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 189 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 187 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 69 aa  50.8  0.000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.27 
 
 		 189 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0858  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 243 aa  49.7  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.949499  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 73 aa  50.1  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 76 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0172  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.134297  normal  0.353283 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 81 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 79 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 77 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.35 
 
 		 305 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  41.67 
 
 		 69 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 200 aa  48.9  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 151 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 207 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 192 aa  48.9  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  38.71 
 
 		 383 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 69 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 490 aa  47.8  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3590  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 79 aa  47.8  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  normal  0.665085 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 77 aa  47.8  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 178 aa  47.4  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 72 aa  47.4  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2329  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 100 aa  47.4  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.632323  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 81 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 57 aa  47.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  48.21 
 
 		 90 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 81 aa  47.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 81 aa  47.4  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5414  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.207419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 101 aa  47  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5594  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 505 aa  46.2  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0568  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 304 aa  46.6  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.415819  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4024  putative transcriptional regulator  37.31 
 
 		 195 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.181748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46710  putative transcriptional regulator  37.31 
 
 		 216 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0037508  decreased coverage  0.000000167672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 78 aa  46.6  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 72 aa  45.4  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 198 aa  45.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 176 aa  45.8  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0127  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4072  helix-turn-helix domain protein  36.21 
 
 		 380 aa  45.4  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  44.26 
 
 		 192 aa  46.2  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6563  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 72 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.33 
 
 		 328 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5920  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 72 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 229 aa  46.2  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 199 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 87 aa  45.4  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  44.64 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3773  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  35.94 
 
 		 294 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  36.11 
 
 		 75 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3341  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 217 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 737 aa  45.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  36.92 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 504 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 81 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  37.04 
 
 		 245 aa  45.4  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2812  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.38 
 
 		 338 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 195 aa  45.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  41.27 
 
 		 240 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 163 aa  44.7  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 213 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1606  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 404 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0568777  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 189 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2234  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 191 aa  44.7  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 72 aa  44.7  0.0004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 219 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 93 aa  44.7  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 76 aa  44.7  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 188 aa  44.3  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>