283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2644 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 474 aa  973    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  63.71 
 
 		 471 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 490 aa  588  1e-167  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 474 aa  581  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  60.21 
 
 		 470 aa  576  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  60.33 
 
 		 490 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  61.02 
 
 		 524 aa  549  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 490 aa  543  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  58.69 
 
 		 461 aa  512  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  52.02 
 
 		 475 aa  508  9.999999999999999e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  51.59 
 
 		 486 aa  485  1e-136  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  51.47 
 
 		 475 aa  479  1e-134  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  51.37 
 
 		 474 aa  481  1e-134  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  51.03 
 
 		 482 aa  479  1e-134  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  50.1 
 
 		 475 aa  475  1e-133  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  50.1 
 
 		 475 aa  475  1e-133  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  50.1 
 
 		 475 aa  475  1e-133  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  51.27 
 
 		 475 aa  478  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  54.22 
 
 		 471 aa  471  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 466 aa  464  1e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  52.02 
 
 		 474 aa  459  9.999999999999999e-129  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  50 
 
 		 461 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  52.18 
 
 		 455 aa  408  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 491 aa  390  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  45.17 
 
 		 481 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  44.37 
 
 		 476 aa  388  1e-106  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.58 
 
 		 480 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 477 aa  385  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 481 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  43.28 
 
 		 477 aa  383  1e-105  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  43.07 
 
 		 477 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.31 
 
 		 480 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 469 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 477 aa  378  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 480 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 483 aa  373  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  43.88 
 
 		 464 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 470 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  42.92 
 
 		 472 aa  370  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  41.4 
 
 		 470 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  42.46 
 
 		 472 aa  371  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  43.31 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 483 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  43.31 
 
 		 461 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  43.43 
 
 		 461 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  41.7 
 
 		 483 aa  363  3e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 482 aa  363  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  42.8 
 
 		 464 aa  361  1e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  40.76 
 
 		 477 aa  355  1e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  41.96 
 
 		 474 aa  348  1e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 488 aa  344  2e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 474 aa  343  4e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  41.86 
 
 		 484 aa  342  1e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 476 aa  339  5.9999999999999996e-92  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 473 aa  337  1.9999999999999998e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 506 aa  337  2.9999999999999997e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  39.11 
 
 		 466 aa  335  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  42.16 
 
 		 469 aa  332  9e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.68 
 
 		 477 aa  317  4e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 475 aa  310  2.9999999999999997e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  36.79 
 
 		 468 aa  309  8e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 479 aa  307  3e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 495 aa  296  6e-79  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 474 aa  296  6e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  35.33 
 
 		 467 aa  289  8e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.53 
 
 		 464 aa  285  9e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  38.61 
 
 		 472 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.52 
 
 		 470 aa  279  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 470 aa  279  9e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 470 aa  279  9e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  36.23 
 
 		 483 aa  276  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.44 
 
 		 469 aa  269  5.9999999999999995e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 463 aa  266  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 491 aa  255  9e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  37 
 
 		 469 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  36.79 
 
 		 469 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 462 aa  244  3e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  45.52 
 
 		 149 aa  123  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  27.85 
 
 		 428 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 443 aa  102  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  25.72 
 
 		 431 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  28.11 
 
 		 428 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  27.9 
 
 		 428 aa  98.2  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  25.35 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  26.39 
 
 		 504 aa  75.9  0.000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 490 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.83 
 
 		 493 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.81 
 
 		 481 aa  70.9  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  24.41 
 
 		 478 aa  70.5  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 		 505 aa  67.8  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  26.08 
 
 		 505 aa  67.8  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  25.18 
 
 		 495 aa  67.4  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  23.61 
 
 		 488 aa  66.6  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  25.39 
 
 		 503 aa  65.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  21.1 
 
 		 500 aa  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 433 aa  62.4  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.05 
 
 		 489 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.81 
 
 		 490 aa  61.6  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  21.4 
 
 		 491 aa  60.8  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>