115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4189 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 491 aa  993    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  69.14 
 
 		 472 aa  632  1e-180  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 464 aa  532  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 480 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 483 aa  369  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 482 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 483 aa  363  4e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 481 aa  362  9e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 480 aa  359  7e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  40.49 
 
 		 480 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.03 
 
 		 481 aa  339  8e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 488 aa  335  9e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  37.71 
 
 		 483 aa  313  5.999999999999999e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  39 
 
 		 477 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  36.85 
 
 		 490 aa  297  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 463 aa  296  7e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 479 aa  295  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  35.92 
 
 		 474 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  37.28 
 
 		 476 aa  289  7e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 474 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 476 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 469 aa  285  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  36.63 
 
 		 524 aa  283  4.0000000000000003e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 477 aa  282  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.95 
 
 		 466 aa  281  2e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 477 aa  279  8e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 471 aa  279  9e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 477 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 477 aa  277  3e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.91 
 
 		 470 aa  276  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  35.54 
 
 		 475 aa  275  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  36.27 
 
 		 490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 470 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  34.38 
 
 		 475 aa  273  4.0000000000000004e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 491 aa  271  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  34.98 
 
 		 483 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 490 aa  269  8e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  33.82 
 
 		 472 aa  269  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 474 aa  266  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  34.23 
 
 		 464 aa  264  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  34.7 
 
 		 477 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  36.16 
 
 		 469 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  34.3 
 
 		 474 aa  261  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 462 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 469 aa  259  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  33.88 
 
 		 475 aa  258  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  35.83 
 
 		 469 aa  258  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 475 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  33.88 
 
 		 475 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  34.01 
 
 		 482 aa  256  4e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  33.74 
 
 		 472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.21 
 
 		 467 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  36.18 
 
 		 469 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  34.02 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  33.81 
 
 		 474 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 468 aa  253  6e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 474 aa  252  8.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  36.93 
 
 		 471 aa  252  9.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  37.26 
 
 		 461 aa  251  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  34.85 
 
 		 461 aa  250  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 461 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  34.65 
 
 		 461 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  34.98 
 
 		 474 aa  249  9e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  33.26 
 
 		 475 aa  249  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 506 aa  248  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  34.77 
 
 		 464 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  32.72 
 
 		 470 aa  246  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  33 
 
 		 466 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 473 aa  243  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  34.09 
 
 		 486 aa  243  6e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  33.98 
 
 		 484 aa  230  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 461 aa  225  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 495 aa  222  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  33.26 
 
 		 455 aa  206  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  42.75 
 
 		 149 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.25 
 
 		 431 aa  97.8  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.39 
 
 		 481 aa  79.7  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  25.61 
 
 		 490 aa  76.3  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  23.65 
 
 		 478 aa  75.1  0.000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 490 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.67 
 
 		 489 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  21.55 
 
 		 495 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.73 
 
 		 504 aa  61.6  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.87 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.56 
 
 		 505 aa  58.2  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  34.93 
 
 		 197 aa  57  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  23.17 
 
 		 488 aa  56.6  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 443 aa  54.7  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  20.89 
 
 		 488 aa  53.9  0.000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 219 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 428 aa  51.6  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  45.9 
 
 		 201 aa  51.6  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  30.22 
 
 		 428 aa  50.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 117 aa  48.9  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 200 aa  48.5  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 428 aa  47.8  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 428 aa  47.8  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>