116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3158 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 472 aa  951    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  69.14 
 
 		 491 aa  624  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  63.03 
 
 		 464 aa  571  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 480 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 481 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.8 
 
 		 480 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 483 aa  376  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  42.98 
 
 		 480 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 482 aa  373  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  43.87 
 
 		 481 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 483 aa  366  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 488 aa  350  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40.89 
 
 		 483 aa  333  5e-90  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 476 aa  319  6e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  41.42 
 
 		 477 aa  319  6e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 		 474 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 		 479 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 477 aa  305  9.000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  37.47 
 
 		 472 aa  302  7.000000000000001e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 470 aa  299  7e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 463 aa  299  8e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 471 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 490 aa  295  1e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  38.48 
 
 		 524 aa  292  9e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.26 
 
 		 476 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  40.09 
 
 		 467 aa  290  3e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  35.81 
 
 		 477 aa  289  6e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 466 aa  289  8e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  36.91 
 
 		 475 aa  287  2e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  38.34 
 
 		 477 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  39.45 
 
 		 470 aa  286  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  38.34 
 
 		 477 aa  286  8e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 477 aa  285  9e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  39.74 
 
 		 490 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 474 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 474 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  36.86 
 
 		 475 aa  284  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 470 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 491 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  35.76 
 
 		 474 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  36.52 
 
 		 472 aa  282  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  36.89 
 
 		 468 aa  280  5e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  37.66 
 
 		 469 aa  278  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 464 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 470 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 470 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  35.76 
 
 		 466 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 469 aa  273  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  35.42 
 
 		 475 aa  273  7e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  35.24 
 
 		 470 aa  273  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 475 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  35.42 
 
 		 475 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 462 aa  272  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  35.27 
 
 		 482 aa  272  1e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.94 
 
 		 483 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 475 aa  268  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 506 aa  266  8.999999999999999e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  36.58 
 
 		 461 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  39.03 
 
 		 471 aa  265  2e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 461 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  36.58 
 
 		 461 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  37.42 
 
 		 464 aa  263  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  37.47 
 
 		 469 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  34.44 
 
 		 486 aa  259  6e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  37.19 
 
 		 474 aa  259  6e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 473 aa  258  1e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  33.26 
 
 		 474 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  37.71 
 
 		 469 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  32.63 
 
 		 475 aa  258  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 474 aa  251  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  37.61 
 
 		 461 aa  249  8e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  36.42 
 
 		 461 aa  240  4e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 495 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  33.47 
 
 		 484 aa  230  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 455 aa  220  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  43.08 
 
 		 149 aa  114  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  25.54 
 
 		 431 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  25.88 
 
 		 481 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  24.95 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  27.05 
 
 		 478 aa  78.6  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  26.33 
 
 		 490 aa  75.1  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 490 aa  73.9  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.19 
 
 		 504 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.99 
 
 		 495 aa  72.4  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.27 
 
 		 488 aa  71.2  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.95 
 
 		 488 aa  68.6  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  27.63 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  26.42 
 
 		 505 aa  66.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.5 
 
 		 489 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  47.54 
 
 		 201 aa  54.7  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 		 197 aa  54.3  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  24.88 
 
 		 489 aa  53.9  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 219 aa  53.9  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  32.09 
 
 		 428 aa  53.5  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 428 aa  53.1  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  25.06 
 
 		 488 aa  52.8  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 200 aa  51.6  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  22.55 
 
 		 503 aa  50.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>