164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2316 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 474 aa  958    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  64.54 
 
 		 490 aa  613  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  59.66 
 
 		 474 aa  581  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 471 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  62.92 
 
 		 524 aa  568  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  61.32 
 
 		 490 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  61.52 
 
 		 490 aa  555  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  55.7 
 
 		 475 aa  540  9.999999999999999e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 470 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  59.83 
 
 		 461 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  54.22 
 
 		 486 aa  522  1e-147  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  55.91 
 
 		 474 aa  499  1e-140  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  53.24 
 
 		 482 aa  482  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  53.07 
 
 		 474 aa  482  1e-135  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  52.64 
 
 		 475 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  52.87 
 
 		 466 aa  480  1e-134  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  52.64 
 
 		 475 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  52.64 
 
 		 475 aa  481  1e-134  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  52.12 
 
 		 475 aa  476  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  50.84 
 
 		 475 aa  466  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  54.01 
 
 		 471 aa  451  1.0000000000000001e-126  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  50.88 
 
 		 461 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  49.66 
 
 		 455 aa  403  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 470 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  45.65 
 
 		 481 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  43.34 
 
 		 472 aa  388  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 477 aa  385  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 491 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  42.53 
 
 		 470 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  44.18 
 
 		 464 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  43.22 
 
 		 472 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  43.45 
 
 		 477 aa  363  3e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 469 aa  361  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  43.23 
 
 		 477 aa  360  4e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 461 aa  358  9e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  43.62 
 
 		 461 aa  358  9e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  43.62 
 
 		 461 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  41.52 
 
 		 476 aa  350  2e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  41 
 
 		 483 aa  350  4e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  41.51 
 
 		 480 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.47 
 
 		 480 aa  349  7e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 483 aa  348  9e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 480 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 477 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 481 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  42.59 
 
 		 474 aa  341  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 488 aa  341  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 474 aa  340  5e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  40.47 
 
 		 464 aa  338  9.999999999999999e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 482 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 483 aa  336  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 466 aa  333  3e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 506 aa  325  7e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.84 
 
 		 469 aa  316  7e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  43.83 
 
 		 477 aa  315  9e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 468 aa  315  9.999999999999999e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 473 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  39.11 
 
 		 484 aa  309  8e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 476 aa  306  5.0000000000000004e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  41.47 
 
 		 479 aa  300  3e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  36.11 
 
 		 467 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 495 aa  285  9e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  38.8 
 
 		 475 aa  283  5.000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 470 aa  273  7e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 470 aa  273  7e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  38.06 
 
 		 483 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 474 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 464 aa  266  7e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 469 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 472 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  37.45 
 
 		 470 aa  253  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 491 aa  253  7e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 463 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  36.34 
 
 		 469 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 469 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 462 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  52.31 
 
 		 149 aa  130  8.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  26.93 
 
 		 431 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 443 aa  97.4  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 428 aa  95.1  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 428 aa  94  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  26.69 
 
 		 428 aa  92.8  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  20.99 
 
 		 491 aa  66.6  0.0000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  23.82 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  20.25 
 
 		 493 aa  59.3  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  23.54 
 
 		 503 aa  57  0.0000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 490 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.12 
 
 		 481 aa  55.5  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  42.25 
 
 		 199 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 440 aa  54.7  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  34.13 
 
 		 428 aa  54.3  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  40.85 
 
 		 199 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  25.2 
 
 		 505 aa  53.5  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  25.83 
 
 		 488 aa  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.01 
 
 		 490 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 300 aa  51.6  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 199 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 199 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>