112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2308 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  97.4 
 
 
461 aa  895    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  69.25 
 
 
469 aa  648    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  73.16 
 
 
491 aa  685    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  97.4 
 
 
461 aa  895    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  100 
 
 
461 aa  931    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  77.17 
 
 
464 aa  714    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  67.82 
 
 
464 aa  621  1e-177  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  54.12 
 
 
470 aa  485  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  53.89 
 
 
470 aa  486  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  53.91 
 
 
472 aa  484  1e-135  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  53.52 
 
 
472 aa  479  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  48.73 
 
 
477 aa  438  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  48.84 
 
 
474 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  49.03 
 
 
474 aa  420  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  47.28 
 
 
477 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  46.62 
 
 
466 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  44.42 
 
 
506 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  43.71 
 
 
471 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  44.37 
 
 
474 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  45.38 
 
 
473 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 
470 aa  368  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 
474 aa  364  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  40.55 
 
 
475 aa  352  1e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  41.06 
 
 
490 aa  350  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  45.4 
 
 
495 aa  348  8e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  42.26 
 
 
524 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  42.51 
 
 
490 aa  345  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  42.09 
 
 
490 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  40.72 
 
 
475 aa  336  3.9999999999999995e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  40.42 
 
 
474 aa  335  1e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  44.04 
 
 
471 aa  332  6e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  39.92 
 
 
475 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  41.79 
 
 
484 aa  332  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 
475 aa  331  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  39.92 
 
 
475 aa  331  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  41.39 
 
 
481 aa  331  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  41.24 
 
 
477 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  40.72 
 
 
477 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  39.83 
 
 
466 aa  327  3e-88  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  38.95 
 
 
482 aa  327  3e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  40.38 
 
 
486 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 
477 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 
483 aa  323  5e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  38.78 
 
 
475 aa  319  7.999999999999999e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  38.74 
 
 
483 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  39.46 
 
 
474 aa  315  8e-85  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  38.9 
 
 
476 aa  312  6.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 
483 aa  311  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  38.89 
 
 
468 aa  311  2e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  42.27 
 
 
461 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  40.99 
 
 
477 aa  310  4e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  36.93 
 
 
480 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  36.72 
 
 
480 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  36.8 
 
 
480 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  38.56 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 
482 aa  302  8.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  41.01 
 
 
469 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  37.28 
 
 
481 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  38.79 
 
 
467 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  41.35 
 
 
461 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 
476 aa  268  1e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  38.48 
 
 
455 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 
464 aa  261  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 
479 aa  261  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  37.13 
 
 
475 aa  260  5.0000000000000005e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  38.17 
 
 
470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  35.38 
 
 
470 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  35.38 
 
 
470 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  37.61 
 
 
469 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  35.52 
 
 
474 aa  246  6.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.36 
 
 
483 aa  242  9e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 
472 aa  242  9e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  35.73 
 
 
469 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
491 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  34.19 
 
 
463 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  35.73 
 
 
469 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  32.55 
 
 
462 aa  196  7e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  49.23 
 
 
149 aa  133  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  33.49 
 
 
431 aa  88.2  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 
443 aa  85.1  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 
428 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.89 
 
 
428 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  24.72 
 
 
428 aa  74.3  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 
490 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  26.17 
 
 
440 aa  67.4  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  23.6 
 
 
481 aa  66.6  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  25.21 
 
 
478 aa  65.1  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.73 
 
 
490 aa  64.3  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.49 
 
 
493 aa  62.8  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  27.34 
 
 
503 aa  62.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  25.65 
 
 
489 aa  59.7  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.43 
 
 
488 aa  58.9  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12303  hypothetical protein  19.96 
 
 
491 aa  57.8  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  24.03 
 
 
488 aa  57.8  0.0000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  23.43 
 
 
500 aa  57  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.88 
 
 
504 aa  53.5  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  20.51 
 
 
496 aa  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  41.38 
 
 
212 aa  49.3  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 
300 aa  48.5  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.73 
 
 
505 aa  48.1  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>