95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2895 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2895  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 473 aa  949    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.406623 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  59.16 
 
 		 506 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1217  XRE family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 495 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.778431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  48.39 
 
 		 472 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 491 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 477 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2998  XRE family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 474 aa  418  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 469 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 470 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  45.63 
 
 		 472 aa  410  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  44.59 
 
 		 470 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  46.4 
 
 		 474 aa  405  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3788  transcriptional regulator, XRE family  45.22 
 
 		 477 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.432624 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4472  hypothetical protein  47.22 
 
 		 464 aa  398  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  46.06 
 
 		 464 aa  391  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0858  hypothetical protein  45.99 
 
 		 461 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0175977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2186  MerR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 461 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2308  hypothetical protein  45.42 
 
 		 461 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  43.56 
 
 		 466 aa  374  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 470 aa  346  5e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  40.84 
 
 		 471 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4449  hypothetical protein  42.43 
 
 		 524 aa  342  9e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.106317  normal  0.892861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 474 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 490 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 474 aa  333  4e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  39.45 
 
 		 475 aa  331  2e-89  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  40.21 
 
 		 475 aa  328  9e-89  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  41.88 
 
 		 474 aa  323  5e-87  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  39.29 
 
 		 486 aa  322  9.000000000000001e-87  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  39.41 
 
 		 475 aa  321  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  39.29 
 
 		 475 aa  320  3.9999999999999996e-86  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  39.29 
 
 		 475 aa  320  5e-86  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 475 aa  320  5e-86  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6436  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 483 aa  320  5e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 474 aa  318  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  38.66 
 
 		 482 aa  317  3e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  41.45 
 
 		 484 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2077  transcriptional regulator, XRE family  40.66 
 
 		 490 aa  313  5.999999999999999e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 483 aa  309  5.9999999999999995e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1637  XRE family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 490 aa  309  9e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.375822 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  38.56 
 
 		 466 aa  306  4.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 481 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 483 aa  305  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 480 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  40.86 
 
 		 469 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0594  hypothetical protein  39.32 
 
 		 481 aa  303  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.150494  normal  0.432719 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  40.52 
 
 		 461 aa  302  9e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2007  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 471 aa  301  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.464836  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 482 aa  299  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  36.85 
 
 		 480 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  38.49 
 
 		 477 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  38.28 
 
 		 477 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  36.72 
 
 		 480 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 477 aa  295  9e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  37.2 
 
 		 476 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1365  hypothetical protein  38.66 
 
 		 477 aa  286  5e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 468 aa  276  8e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 475 aa  274  3e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1626  XRE family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 476 aa  273  7e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.928013  normal  0.297966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0048  XRE family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 488 aa  273  7e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01702  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 461 aa  265  1e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0218  transcriptional regulator, XRE family  37.56 
 
 		 455 aa  260  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.999471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 464 aa  250  4e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2531  transcriptional regulator, XRE family  36.5 
 
 		 479 aa  250  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2488  hypothetical protein  34.54 
 
 		 467 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.3 
 
 		 470 aa  248  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  35 
 
 		 470 aa  242  9e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  35 
 
 		 470 aa  242  9e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  35.57 
 
 		 483 aa  241  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3158  transcriptional regulator, XRE family  35.02 
 
 		 472 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 474 aa  231  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  35.42 
 
 		 469 aa  224  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4189  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 491 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0115476  normal  0.171074 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0944  XRE family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 462 aa  199  7.999999999999999e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 469 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3436  XRE family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 463 aa  196  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.288452  normal  0.476438 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  34.5 
 
 		 469 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2985  DNA-binding protein  37.59 
 
 		 149 aa  102  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.765892  normal  0.231078 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  25.6 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 428 aa  63.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  24.89 
 
 		 428 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  25.44 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  24.71 
 
 		 505 aa  60.1  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  24.94 
 
 		 478 aa  59.7  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 490 aa  59.7  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  24.81 
 
 		 500 aa  57.4  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  26.15 
 
 		 488 aa  57  0.0000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  25.06 
 
 		 490 aa  55.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1510  XRE family transcriptional regulator  23.52 
 
 		 443 aa  55.8  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.899196 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2696  XRE family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 440 aa  54.3  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0198087  normal  0.635331 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  22.86 
 
 		 504 aa  51.6  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  23.67 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  24.66 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  27.66 
 
 		 188 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  24.84 
 
 		 489 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>